Die markgräfliche Regierung zog in Ansbach die Einkünfte der Pfarrei ein.
Hans von Rotenhan führt die Lehre Luthers ein.
In Eibelstadt wird Lateinunterricht in der Kirche erteilt.
Matthias Tinctorius ist evangelischer Pfarrer in Lohr. Er wurde 1571 als Judengegner entlassen.
In Merkendorf wurde eine Kaplanei errichtet, dessen Kaplan oder Diakon gleichzeitig Schulmeister war.
Die Trivialschule der Urpfarrei wird von 153 Kindern besucht.
Die Gegenreformation wird erfolgreich durchgeführt, lediglich die ritterschaftlichen Untertanen bleiben protestantisch.
Der Würzburger Bischof Julius Echter von Mespelbrunn kann mit Unterstützung seines Amtskellers Johann Schilling durch Ausweisung und andere Gewaltmaßnahmen den Protestantismus in Neustadt und den umliegenden Gemeinden völlig unterdrücken.
Die Neustädter Bürger, die trotz der Repressalien des Würzburger Bischofs Julius Echter von Mespelbrunn protestantisch bleiben wollten, müssen in der Weihnachtszeit des Jahres 1587 die Stadt verlassen. Es sollen 91 Familien von ca. 600 Haushalten gewesen sein.
Die Pfarrkirche in Wertheim erhält die Glocken von Holzkirchen.