Wie sehr die Reformation Neustadt beeinflusst, zeigt die Tatsache, dass zwischen 1502 und 1557 57 "Jünglinge" in Wittenberg studieren.
Die Stadt hat 501 Mannschaften und 82 Witfrauen.
Der Würzburger Bischof Julius Echter von Mespelbrunn kann mit Unterstützung seines Amtskellers Johann Schilling durch Ausweisung und andere Gewaltmaßnahmen den Protestantismus in Neustadt und den umliegenden Gemeinden völlig unterdrücken.
Die Neustädter Bürger, die trotz der Repressalien des Würzburger Bischofs Julius Echter von Mespelbrunn protestantisch bleiben wollten, müssen in der Weihnachtszeit des Jahres 1587 die Stadt verlassen. Es sollen 91 Familien von ca. 600 Haushalten gewesen sein.
Nürnberg wird als Dekanatssitz von Neustadt an der Saale erwähnt.
Bad Neustadt an der Saale gehört heute zum Landkreis Rhön-Grabfeld im Regierungsbezirk Unterfranken.