Würzburg erreicht 1557 nach erbitterten Auseinandersetzungen mit der Abtei einen Vergleich, demzufolge dem Kloster Ebrach alle aus den Verträgen und Privilegien des 14. Jahrhunderts gewonnenen hochgerichtlichen Zugeständnisse wieder abgesprochen werden. 1561 muss Ebrach aufgrund eines kaiserlichen Schiedsspruches auch auf die finanziell einträglichen Sühneverfahren verzichten. Da die Abtei durch die Bestimmungen von 1557 und 1561auch der engeren Immunität innerhalb der Klostermauern verlustig geht, ist sie trotz aller späteren Kämpfe um Rückgewinnung verlorener Rechte endgültig in die Stellung eines landständischen Klosters zurückverwiesen.