Der Rat von Windsbach konnte das Besetzungsrecht der Pfarrei an sich ziehen, indem er einen Priester anstellte, da die Familie von Lentersheim, die hohe Einkünfte der Pfarrei bezog, die geistliche Versorung vernachlässigte.
1542 wird die Reformation durch die Stadt Nürnberg eingeführt, der Allersberg kurz zuvor verpfändet worden war.
Die Kirche zum Hl. Grab im Schöntal wird auf Anregung Kardinal Albrechts (von Brandenburg?) als Beginenkirche begonnen.
1543 wird die Lehre Luthers eingeführt. Von Magister 1543 bis 1566 ist Johann Konrad Ulmer evangelischer Pfarrer in Lohr.
Unter dem Einfluss der Reformation erfolgt die Auflösung des Benediktinerinnenklosters Kitzingen, der Klosterbesitz bleibt jedoch weiterhin unter herrschaftlichen Verwaltern zusammen.
Die Pfarrei Goldkronach wird neu gegründet.
Der Würzburger Fürstbischof Melchior Zobel von Giebelstadt beschreibt in einer Beschwerdeschrift an Kaiser Karl V. die durch die Reformation verursachten kirchlichen Zustände im Stift Würzburg.
Lorenz Wildner ist evangelischer Pfarrer in Rieneck.
Die Nikolauskirche wird zusammen mit der Wolfgangskapelle abgerissen. Das Mobiliar bekommt die Pfarrkirche St. Magdalena, die Steine dienen dem Bau der Lateinschule.
Es wird eine Pfarrei erwähnt.