Nach dem erbenlosen Tod Bertholds XVI. von Henneberg-Römhild verkauften seine gräflich-mansfeldischen Erben ihr Viertel von Stadt und Amt Münnerstadt an Würzburg.
Das Kloster der Augustinereremiten bestand bis etwa 1560. Danach wurden seine Güter und Rechte vom Augustinerkonvent zu Würzburg mitverwaltet.
Die Grafen von Stolberg (als Erben von Henneberg- Römhild) verlegten mit Einwilligung Bischof Friedrichs den früher auf Maria Magdalena (22. Juli) gehaltenen Jahrmarkt in Münnerstadt auf den Sonntag davor und gewährten einen weiteren zu Reminiscere (2. Fastensonntag).
Nach dem Aussterben der Henneberger kommt die Stadt endgültig in den Besitz des Würzburger Hochstifts. Bischof Julius Echter erwarb nun das restliche Viertel von Burg, Stadt und Amt Münnerstadt mit Halsgericht und Zoll für 42000 Gulden von den Grafen von Stolberg als Erben Graf Albrechts von Henneberg-Schwarza.
Durch die kaiserliche Belehnung Würzburgs mit den "Münnerstadter Lehen" 1587, nämlich mit einem Viertel an Blutbann und Zoll zu Münnerstadt sowie 1588 mit dem ehemals stolbergischen Viertel an Münnerstadt erhielten diese Besitzwechsel ihre reichsrechtliche Sanktionierung.
Zur Sicherung der katholischen Religionsausübung erließ Julius Echter für Münnerstadt eine eigene Kirchenordnung.
Die frühere Judengemeinde scheint so bedeutend gewesen zu sein, dass sie einen eigenen Friedhof hatte, denn 1615 kaufte Bischof Julius u.a. einen Krautgarten gelegen am "Judenkirchhof" zu Münnerstadt.
Bischof Julius Echter erließ eine Ordnung für die Gesellen und Lehrlinge der Münnerstadter Sattlerzunft.
Mit Hilfe des Augustinerkonvents zu Würzburg wurde das Kloster Münnerstadt neu besiedelt.
In Münnerstadt wird ein Gymnasium gegründet und zunächst den Bartholomiten übertragen.