1543 wird die Lehre Luthers eingeführt. Von Magister 1543 bis 1566 ist Johann Konrad Ulmer evangelischer Pfarrer in Lohr.
Matthias Tinctorius ist evangelischer Pfarrer in Lohr. Er wurde 1571 als Judengegner entlassen.
Der Priester Hans Leonhard Kottwitz von Aulenbach wiegerte sich, in Lohr aufzuziehen, bevor nicht alle Juden die Stadt verlassen hatten. In der Tat verkauften die Juden ihre Habe und zogen weg; im März 1573 befand sich kein Jude mehr in Lohr
Michael Horneck war bis 1586 Schulmeister in Lohr.
In Lohr mussten Abziehende dem Privileg von 1597 zufolge Nachsteuer entrichten.
Der Bau eines repräsentativen Rathauses, anstelle einese älteren, unscheinbraren Vorgängers, wurde 1599 beschlossen und kam 1607 zum Abschluss.
Es wurde wieder die erste katholische Messe gefeiert.
Bis zum 1. August 1605 waren bis auf sieben sämtliche der 16 Ratsmitglieder wieder katholisch geworden. Drei Ratsherren waren bereits im Juni 1605 entlassen worden.
In der Bevölkerung zeichneten sich Konversionserfolge ab. In der Kar- und Osterwoche 1605 ließen sich von den nach Lohr gekommenen Jesuitenpatres Johann Michael und Gerhard Pien 76 Einwohner von Lohr und Sackenbach in die katholische Kirche aufnehmen.
Es kamen bereits zur Zeit der schwedischen Zwischenregierung 1633 Kapuziner aus Aschaffenburg nach Lohr.