Den Separationstendenzen der drei Gemeinden Burkardroth, Stangenroth und Wollbach von der Pfarrei Aschach wird dadurch entgegengekommen, dass ihnen in einer Urkunde des Grafen zu Henneberg ein eigener Kaplan gestiftet wird, der in Burkardroth wohnt und die Rechte eines Pfarrers hat. Die rechtliche Verbindung mit Aschach bleibt wohl noch erhalten. Wann die Pfarrei Burkardroth offiziell eingerichtet wird lässt sich nicht mit Sicherheit klären (vermutlich 1559 oder 1560).
Aufgrund verschiedener Schenkungsurkunden lässt sich die Begründung einer Seelsorgestelle Burkardroth wohl auf diese Zeit datieren.
Laut eines Visitationsprotokolls gibt es in Burkardroth nur 64 Kommunikanten. Der protestantische Teil der Bevölkerung besucht den Gottesdienst in Geroda und Haard. Es gibt zwei Lehrer, von denen einer katholisch und einer evangelisch ist.
Im Jahr 1584 liegt die erste sichere Nachricht über zwei Lehrer in Burkardroth vor. Das Schulwesen hat also bereits einen erstaunlichen Ausbau erfahren, weshalb die Vermutung naheliegt, dass eine Schule bereits seit einigen Jahrzehnten bestand.
Burkardroth hat während des Dreißigjährigen Krieges, insbesondere ab 1632, unter Plünderungen, Mord und anderen Übergriffen zu leiden.
In Burkardroth wird ein Reiter begraben, dessen Namen unbekannt ist. Er gehört zu den protestantischen Unionstruppen oder bayerischen Soldaten, die in der Anfangszeit des Dreißigjährigen Krieges durch die Region ziehen.
Im Zuge der Hexenverfolgung finden auch zwei Bürger aus Burkardroth den Tod.
Bauern aus Burkardroth und Wollbach beantragen die Überlassung der Güter des aufgelassenen Klosters Frauenroth, doch der Kaufvertrag wird erst 1691 durch Bischof Gottfried unterzeichnet. Damit beginnt die Geschichte des Dorfes Frauenroth.
Die neue Kirche in Burkardroth wird durch den Weihbischof Johann Bernhard Mayer geweiht.
Die Filiale Stangenroth wird von ihrer Mutterpfarrei Burkardroth losgelöst und zur eigenständigen Pfarrei erhoben.