Nach der neuen Stadtordnung waren einerseits die Ratsmitglieder wie die Bürgermeister gegenüber dem Hauptmann als dem Vertreter des Bischofs eidlich verpflichtet, andererseits übte der Rat im wesentlichen die Aufsicht über die Bürger und die städtischen Besitzungen und Einrichtungen wie Zünfte, das Spital und die Gotteshausstiftung aus. Die Bürgermeister, die den Rat nach außen hin vertraten, hatten als ausführendes Organ sich an die Ratsbeschlüsse zu halten. Zu ihren Aufgaben gehörte auch, die jährliche Rechnungslegung der Stadt vor dem Hauptmann zu erbringen.
In der von Bischof Veit II. bestätigten Stadtordnung von 1575 ist neben den in der Ordnung von 1488 genannten eine Reihe weiterer in die Gerichtskompetenz von Bürgermeister und Rat fallender Straftaten und Bestimmungen aufgezählt. Darin sind auch "wortliche und wirckliche Realiniurien" (Schmähungen und Körperverletzungen), die auch "amptshalbenn" ohne Auftritt eines Klägers gerichtlich verfolgt werden konnten, und Bestimmugnen zu Kauf- und Schuldsachen und Erbschaftsangelegenheiten aufgeführt.
Seit 1580 gibt es vier Bürgermeister im Rat.
Heideck hat 1584 112 Bürger und Hausbesitzer, 36 Hausgenossen und Beständner.
Die Kontrolle über Getreidemaße wird dem Centgrafen und dem Bürgermeister zugewiesen, falsches Ellenmaß und Gewicht sind Sache von Richter und Rat bzw. Gericht.
Die Bürger von Wertheim wollen sich mit einer Geldzahlung auf ewig von ihrer "Leibeigenschaft" befreien.
Seit 1612 wird mit Aron wieder ein Jude in der Stadt erwähnt, der aus der Grafschaft Leiningen zugezogen war und mit der Niederlassung seine Pflicht zum Bürgerrecht leistete.
Die Bürger von Wertheim werden auf Erlass der Grafen Ludwig Wolfgang, Ernst und Friedrich Ludwig von Löwenstein von der Leibeigenschaft befreit.
Markgraf Christian erteilt dem Magistrat auf dessen Ansuchen hin eine Bestätigung der Stadtprivilegien, nachdem das ältere Dokument im Zuge des Dreißigjährigen Krieges verlorengegangen war. Im Mittelpunkt stehen dabei die wirtschaftlichen Vergünstigungen, namentlich das Brau- und Schankmonopol im Amts- und Stadtbezirk, das Marktrecht, die Hut-, Wald- und Fischwasserrechte sowie Bestimmungen für den Erwerb des Bürgerrechts, die Ausübung der Niedergerichtsbarkeit und Gebotsgewalt im Stadtbezirk und das gerichtliche Verfahren gegenüber den Bürgern bei bestimmten strafrechtlichen Tatbeständen.
Dem Ratskollegium sind vier Vertreter der Bürgergemeinde beigeordnet, die seit 1655 ebenso wie die Mitglieder des Rates ihr Amt auf Lebenszeit behalten und in der Regel in die Stellen ausscheidender Ratsmitglieder aufrücken.