Im 16. Jahrhundert erlebt Königsberg als Folge der konfessionellen Neuordnung (Errichtung des protestantischen geistlichen Gerichts, Aufnahme vieler Pastoren aus den rekatholisierten Würzburger Amtsortschaften, usw.) nochmals eine wirtschaftliche und kulturelle Blüte.
In Rehau gibt es ein Hammerwerk, eine Mühle, 21 Güter, 14 Halbhöfe, 17 Gütlein, zwei Seldengüter, fünf Herbergen, ein Haus und ein Häuslein.
Eine wirtschaftliche Sonderentwicklung nahm Kissingen, das sich seit dem 16. Jahrhundert von einer Stätte der Salzproduktion zu einem Heilbad entwickelte. Die erste Nachricht darüber, dass die Kissinger Quellen auch für Trink- und Badekuren benutzt wurden, entstammt einem Eintrag zum Jahr 1520 in einem Würzburger Domkapitelprotokoll, wonach einem Mitglied auf entsprechenden Antrag hin Urlaub für eine Trinkkur bewilligt wurde.
Laut Lorenz Fries gibt der Würzburger Bischof den Rotgerbern der Stadt Königsberg eine Handwerksordnung.
Die erstarkten Hohenloher kaufen ihre Pfandschaft (Kirchberg an der Jagst und Ilshofen) von den Reichsstädten Rothenburg, Hall und Dinkelsbühl zurück.
Der erste Hochofen in Nordost-Bayern wird angeblasen.
Im 17. Jahrhundert wird Königsberg unter den Herzögen von Sachsen-Weimar mehr und mehr seiner alten politischen Rechte beraubt und verliert mit dem allmählichen Rückzug des Adels aus der Stadt die gesellschaftlichen, durch ständige Verminderung seines Amtsgebietes inmitten großer Territorien auch seine politische und wirtschaftliche Stellung.
Der wichtigste Zweig des Allersberger Gewerbes ist die Fabrikation des leonischen Drahtes durch Hans Georg Heckel, der hier 1689 seine erste Fabrik gründet.
Um die Mitte des 17. Jahrhunderts wird das Bergamt in Goldkronach aufgrund des Niedergangs des Bergwerkbetriebs aufgehoben und nach Naila verlegt.
Es erfolgt die Rückverlegung des Bergamts von Naila nach Goldkronach durch Markgraf Christian Ernst.