Das erste wirkliche Stadtsiegel ist für 1287 überliefert.
Der Deutsche Orden erhält als Ausstattungsgut für die Kapelle am Friedhof der Pfarrei Münnerstadt ein Lehen in Löhrieth.
Der Deutsche Orden erhält mehrere Lehen im Umkreis von Münnerstadt und befindet sich somit im Aufschwung.
Die Michaelsmesse wird erwähnt.
Im Laufe des 14. Jahrhunderts ging zunächst die Aufsicht, dann auch die tatsächliche Herrschaft über das Spital auf die Stadt über.
Der Deutsche Orden fungiert in einem Ausgleich zwischen dem Würzburger Bischof Andreas von Gundelfingen und der verwitweten Markgräfin Anna von Brandenburg als eine Art Pfandträger über Geld und die Burg "ze Steina", bis die Vereinbarungen der beiden Parteien vom Bischof bestätigt werden.
Der Ort wird im Salbuch der Henneberger erwähnt.
Graf Berthold VII. von Henneberg verschrieb dem Ordenshaus zu Schleusingen an Stelle von 100 Mark, für die sein Sohn Bertold IX. in den Orden aufgenommen worden war, 25 Pfund Heller von der Martinsbede zu Münnerstadt.
Dem Ritter Albrecht von Hessberg wurde von Henneberg-Schleusingen der halbe Zehnt zu Münnerstadt für 708 Pfund Heller versetzt.
Für den erheblich älteren Teil der Stadt gibt es Ausbaumaßnahmen von Graf Poppo VIII. von Henneberg.