Im Zuge der Reformation entsteht die Pfarrei Marktbergel aus der Zusammenfassung der Ortsteile Weiler und Niederhofen.
Eine Urkunde von Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn) gibt darüber Auskunft, dass viele Einwohner Retzbachs im 16. Jahrhundert zum Protestantismus übertreten. Unter dem Propst Martin Knödler findet die Gegenreformation zwischen 1577 und 1583 statt.
Im Zuge der Gegenreformation wird die Augsburger Konfession in Rothenkirchen endgültig unterbunden, da das Hochstift Bamberg die alte Burg von den Erben der ausgestorbenen Linie der Würtzburg zu Rothenkirchen erwirbt.
Der Ritter Georg Sebastian Stiebar (1563-1625) trägt besonders dazu bei, Luthers Lehren zu verbreiten. Er baut eine Schlosskapelle und kauft 1595 mit dem Rittergut Wolkenstein die alte Kirche zu Moggast und stellt dort einen evangelischen Pfarrer ein. Dadurch eskaliert das Verhältnis zum Bamberger Bischof. Im Zuge der Gegenreformation kann der Bischof in Pretzfeld selbst wieder die konfessionelle Oberhand gewinnen.
Unter dem Würzburger Fürstbischof Julius Echter werden folgende bauliche Maßnahmen an der Pfarrkirche Prölsdorf vorgenommen: Im Jahr 1591 erhält die Kirche neue Glocken. Im Jahr 1595 wird die Kirche renoviert, ein neuer Predigtstuhl wird eingebaut und ein Stück der Kirchenhofmauer wird errichtet. Im Jahr 1599 wird der Kirchturm und Kirche neu gedeckt.
Zur Pfarrei Lonnerstadt gehören die Orte: Ailsbach, Buchfeld, Fetzelhofen, Frimmersdorf, Mailach, Schwarzenbach, Unterwinterbach, Warmersdorf, Ailersbach, Großneuses, Greiendorf, Lappach, Sterpersdorf.
Die Pfarrkirche St. Burkard wird in Geiselwind erbaut. In der Kirche finden sich noch heute mittelalterliche Spuren.
Die Mauerumfriedung um das Gebiet der Heiligenstädter Kirche, des Pfarrhauses und der Schule besteht bereits. Dort befinden sich hölzerne Wehrgänge sowie Schießscharten zur Verteidigung.
Die Pfarrei Lonnerstadt wird als Filiale der Pfarrei Höchstadt einverleibt.
Nachdem Nürnberg das Pfarrrecht der Lonnerstädter Kirche erworben hat, führt die Reichsstadt die Reformation im Dorf ein und verteidigt sie schließlich gegen den gegenreformatorischen Eifer der benachbarten Fürstbischöfe.