Die Bücholder Kirche wird von den Protestanten des Umlandes besucht, bis deren katholische Landesherren den Besuch auswärtiger Kirchen unterbinden.
Eine Urkunde von Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn) gibt darüber Auskunft, dass viele Einwohner Retzbachs im 16. Jahrhundert zum Protestantismus übertreten. Unter dem Propst Martin Knödler findet die Gegenreformation zwischen 1577 und 1583 statt.
Im Zuge der Gegenreformation wird die Augsburger Konfession in Rothenkirchen endgültig unterbunden, da das Hochstift Bamberg die alte Burg von den Erben der ausgestorbenen Linie der Würtzburg zu Rothenkirchen erwirbt.
Die Herren von Sparneck weigern sich auch nach der Reformation, die lutherische Lehre in ihrem Gebiet, also auch in Sparneck, einzuführen.
Der Ritter Georg Sebastian Stiebar (1563-1625) trägt besonders dazu bei, Luthers Lehren zu verbreiten. Er baut eine Schlosskapelle und kauft 1595 mit dem Rittergut Wolkenstein die alte Kirche zu Moggast und stellt dort einen evangelischen Pfarrer ein. Dadurch eskaliert das Verhältnis zum Bamberger Bischof. Im Zuge der Gegenreformation kann der Bischof in Pretzfeld selbst wieder die konfessionelle Oberhand gewinnen.
Zur Pfarrei Lonnerstadt gehören die Orte: Ailsbach, Buchfeld, Fetzelhofen, Frimmersdorf, Mailach, Schwarzenbach, Unterwinterbach, Warmersdorf, Ailersbach, Großneuses, Greiendorf, Lappach, Sterpersdorf.
Da Nürnberg und Ansbach fast zur gleichen Zeit und mit der gleichen Kirchenordnung die lutherische Reformation einführen, bleibt der Bevölkerung Wendelsteins eine konfessionelle Spaltung erspart. Die katholische Kirche kann erst wieder am Ausgang des 19. Jahrhunderts Fuß fassen.
Unter dem Würzburger Fürstbischof Julius Echter werden folgende bauliche Maßnahmen an der Pfarrkirche Prölsdorf vorgenommen: Im Jahr 1591 erhält die Kirche neue Glocken. Im Jahr 1595 wird die Kirche renoviert, ein neuer Predigtstuhl wird eingebaut und ein Stück der Kirchenhofmauer wird errichtet. Im Jahr 1599 wird der Kirchturm und Kirche neu gedeckt.
Die Pfarrei Lonnerstadt wird als Filiale der Pfarrei Höchstadt einverleibt.
Nachdem Nürnberg das Pfarrrecht der Lonnerstädter Kirche erworben hat, führt die Reichsstadt die Reformation im Dorf ein und verteidigt sie schließlich gegen den gegenreformatorischen Eifer der benachbarten Fürstbischöfe.