Im Zuge der Reformation entsteht die Pfarrei Marktbergel aus der Zusammenfassung der Ortsteile Weiler und Niederhofen.
Gemünda ist mit 64 Lehensgütern, Schloss, Kirchhof, Wirtshaus und zahlreichen Handwerkern ein bedeutender Ort.
In Retzbach wohnen ungefähr 50 Lutheraner, im Rat sitzen vier davon.
Eine Urkunde von Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn) gibt darüber Auskunft, dass viele Einwohner Retzbachs im 16. Jahrhundert zum Protestantismus übertreten. Unter dem Propst Martin Knödler findet die Gegenreformation zwischen 1577 und 1583 statt.
Unter dem Würzburger Fürstbischof Julius Echter werden folgende bauliche Maßnahmen an der Pfarrkirche Prölsdorf vorgenommen: Im Jahr 1591 erhält die Kirche neue Glocken. Im Jahr 1595 wird die Kirche renoviert, ein neuer Predigtstuhl wird eingebaut und ein Stück der Kirchenhofmauer wird errichtet. Im Jahr 1599 wird der Kirchturm und Kirche neu gedeckt.
Zur Pfarrei Lonnerstadt gehören die Orte: Ailsbach, Buchfeld, Fetzelhofen, Frimmersdorf, Mailach, Schwarzenbach, Unterwinterbach, Warmersdorf, Ailersbach, Großneuses, Greiendorf, Lappach, Sterpersdorf.
Die Pfarrkirche St. Burkard wird in Geiselwind erbaut. In der Kirche finden sich noch heute mittelalterliche Spuren.
Die Urpfarrei Euerdorf beginnt sich aufzulösen und neue Pfarreien werden eingerichtet. Oberthulba wird im Jahr 1571 eigenständige Pfarrei. Sulzthal wird im Jahr 1585 Pfarrei mit der Filiale Ramsthal. Im Jahr 1668 löst sich Aura von Euerdorf und im Jahr 1688 Ramsthal von Sulzthal. Es verbleiben nur noch Engenthal und Wirmsthal als Filialen bis in die Gegenwart.
Die Mauerumfriedung um das Gebiet der Heiligenstädter Kirche, des Pfarrhauses und der Schule besteht bereits. Dort befinden sich hölzerne Wehrgänge sowie Schießscharten zur Verteidigung.
Nachdem Nürnberg das Pfarrrecht der Lonnerstädter Kirche erworben hat, führt die Reichsstadt die Reformation im Dorf ein und verteidigt sie schließlich gegen den gegenreformatorischen Eifer der benachbarten Fürstbischöfe.