Spuren menschlicher Anwesenheit im Gaimersheimer Gebiet lassen sich bis in diese Zeit zurückverfolgen. Hiervon zeugen Funde in einer Lehmgrube, die zugerichtete Feuersteinspitzen, einen Mammutstoßzahn sowie zwei Mammutbackenzähne zu Tage förderten. In einer Spalte des Steinbruchs am Rackertshofener Weg wurden Knochen und Zähne gesammelt, die von Höhlenbären stammen. Ferner wurde ein Steinbeil aus dem dritten vorchristlichen Jahrtausend ausgegraben.
Im Bereich des Steinberges bei Gaimersheim finden sich Spuren aus dieser Zeit, beispielsweise Keramikreste (Bandkeramik) sowie neue Gerätschaften wie Steinbeile für die Holzverarbeitung, Sichelklingen aus Hornstein für die Getreideernte und Mahlsteine aus Quarzit zur Mehlherstellung. In Bezug auf die Keramik liefert der Steinberg Belege fast aller jungsteinzeitlichen Kulturen (Linearbandkeramik, Stichbandkeramik, Oberlauterbacher Keramik, Münchshöfener Kultur, Altheimer Kultur und Chamer Gruppe).
Auch aus dieser Zeit liefert der Steinberg bei Gaimersheim Funde (z.B. Schmuckgegenstände aus Bronze und Kupfer), die dort eine Besiedlung belegen. Es wurden jedoch noch keine Grabstätten aus dieser Zeit festgestellt, und auch Haus- und Siedlungsgrundrisse sind uns aus dem Bereich Gaimersheim noch nicht bekannt.
Aus dieser Zeit sind uns viele Siedlungsstellen im Gebiet von Gaimersheim bekannt. Auf dem Steinberg, im Wernstallfeld und in der Oberschacher wurden Gefäßscherben gefunden. Von vermuteten Befestigungsanlagen aus dieser Zeit haben wir allerdings keine gesicherte Kenntnis.
Auch aus dieser Zeit gibt es viele Funde im Gebiet von Gaimersheim. Sie wurden an den gleichen Stellen gemacht, an denen schon die vorausgehenden Siedlungen der Urnenfelderzeit festgestellt worden waren.
Aus dieser Zeit gibt es Funde von Keramik und Eisenschlacken auf dem Steinberg bei Gaimersheim. Durch die Nähe zum keltischen Oppidum von Manching ist hier auch mit einer intensiven Besiedlung zu rechnen. Wahrscheinlich wurde in dieser Zeit auch das Wegesystem ausgebaut und unterhalten, das im Gemeindegebiet durch vorwiegend von Norden nach Süden verlaufende "Altwege" beobachtet werden kann, wovon einer genau durch den heutigen Markt Gaimersheim führt.
In Gaimersheim besteht eine einst zum Kloster Geisenfeld lehenbare "Padtstube" (Badstube).
Gaimersheim liegt 6 Kilometer nordwestlich von Ingolstadt im jetzigen Landkreis Eichstätt im Regierungsbezirk Oberbayern.
Die Römer errichten auf einer kleinen Anhöhe nahe Gaimersheim ein Kastell, zu dem wohl auch eine Kolonie gehört. Über die Vermutung, dass Abschnitte der alten Ortsbefestigung Teile des frührömischen Holz-Erde-Kastells darstellen, gibt es noch keine neuen Aufschlüsse und Untersuchungen. In Nassenfels wird ebenfalls ein frühes Erdkastell aus dem 1. Jahrhundert vermutet, das anhand des verfüllten Spitzengrabens nachgewiesen werden konnte. Die Funde aus dieser Zeit sind schon ergiebiger und bestehen unter anderem aus römischen Dachziegeln, Geschirrscherben, Teilen eines Bades, einer Statue und einem Grabstein. Das Kastell wird jedoch schon bald wieder verlassen, vermutlich um weiter vorgeschobene Stellungen in der neuen Kastellreihe Kösching-Pfünz-Weißenburg zu beziehen.
Gaimersheim gehört verwaltungsmäßig zum Landgericht Vohburg und wird dann dem Landgericht Ingolstadt unterstellt.