In den Wirren des Markgrafenkrieges verlassen die Konventualen des Chorherrnstiftes das Kloster und treten in Nürnberg zur neuen Lehre über.
Das Kloster der Augustinereremiten bestand bis etwa 1560. Danach wurden seine Güter und Rechte vom Augustinerkonvent zu Würzburg mitverwaltet.
Würzburg erreicht 1557 nach erbitterten Auseinandersetzungen mit der Abtei einen Vergleich, demzufolge dem Kloster Ebrach alle aus den Verträgen und Privilegien des 14. Jahrhunderts gewonnenen hochgerichtlichen Zugeständnisse wieder abgesprochen werden. 1561 muss Ebrach aufgrund eines kaiserlichen Schiedsspruches auch auf die finanziell einträglichen Sühneverfahren verzichten. Da die Abtei durch die Bestimmungen von 1557 und 1561auch der engeren Immunität innerhalb der Klostermauern verlustig geht, ist sie trotz aller späteren Kämpfe um Rückgewinnung verlorener Rechte endgültig in die Stellung eines landständischen Klosters zurückverwiesen.
Ein Dekret des Markgrafen Georg Friedrich bestimmte die Reformation und Säkularisierung der Stifte Ansbach und Feuchtwangen.
Es besteht eine Niederlassung der Jesuiten.
Die Jesuiten errichten ein Kolleg.
Die Jesuitenkirche wird erbaut.
Die Kapuzinerkirche wird erbaut.
Gustav II. Adolf von Schweden schenkt das Kloster Amorbach samt allen Herrschaftsrechten an Ludwig Graf von Erbach. Gerade durch diese Säkularisation 1631-1634 bleiben die Klosterbesitzungen von Willkür und Gewalttätigkeit weitgehend geschützt.
Es kamen bereits zur Zeit der schwedischen Zwischenregierung 1633 Kapuziner aus Aschaffenburg nach Lohr.