Der Würzburger Bischof Melchior Zobel von Giebelstadt gibt Michael von Wertheim ein Drittel der Zent von Wertheim zu Lehen.
Nach einem Urbar aus der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts war der hochstiftische Stadtschultheiß der Stellvertreter des Bamberger Bischofs und "hegte" das Gericht, er sprach letztlich das Urteil. Beraten wurde er von zwölf Schöffen, bei denen es sich um neun Mitglieder des Zeiler Rats und je einem Vertreter der Gemeinden Schmachtenberg, Ziegelanger und Steinbach handelte.
Würzburg erreicht 1557 nach erbitterten Auseinandersetzungen mit der Abtei einen Vergleich, demzufolge dem Kloster Ebrach alle aus den Verträgen und Privilegien des 14. Jahrhunderts gewonnenen hochgerichtlichen Zugeständnisse wieder abgesprochen werden. 1561 muss Ebrach aufgrund eines kaiserlichen Schiedsspruches auch auf die finanziell einträglichen Sühneverfahren verzichten. Da die Abtei durch die Bestimmungen von 1557 und 1561auch der engeren Immunität innerhalb der Klostermauern verlustig geht, ist sie trotz aller späteren Kämpfe um Rückgewinnung verlorener Rechte endgültig in die Stellung eines landständischen Klosters zurückverwiesen.
Die Stadt erhält eine peinliche Gerichtsordnung auf Grundlage der Constitutio Criminalis Carolina (CCC) von 1532.
Während die Ämter als Verwaltungsbezirke einzelner Grundherrschaften mit ihren zinspflichtigen Hintersassen entstanden waren, bilden die entsprechenden "Halsgerichte" genau umgrenzte Hochgerichtssprengel. Diese Hochgerichtssprengel bleiben auch unter der verwaltungsmäßigen Vereinigung zu einem Amt, für das um 1650 der Begriff "Oberamt" auftaucht, mit ihrer Funktion und ihren Grenzen erhalten.
In der von Bischof Veit II. bestätigten Stadtordnung von 1575 ist neben den in der Ordnung von 1488 genannten eine Reihe weiterer in die Gerichtskompetenz von Bürgermeister und Rat fallender Straftaten und Bestimmungen aufgezählt. Darin sind auch "wortliche und wirckliche Realiniurien" (Schmähungen und Körperverletzungen), die auch "amptshalbenn" ohne Auftritt eines Klägers gerichtlich verfolgt werden konnten, und Bestimmugnen zu Kauf- und Schuldsachen und Erbschaftsangelegenheiten aufgeführt.
Eine Stadt- und Gerichtsordnung wird erlassen, darin ist von 4 Bürgermeistern und 8 Ratsherren die Rede.
Allersberg erhält im letzten Jahr seiner Verpfändung an die Reichsstadt Nürnberg durch diese eine Gerichtsordnung, wobei festgelegt wird, dass der Richter durch die Herrschaft bestimmt und Rat und Gericht jährlich neu besetzt werden sollen.
Nach einem für die Jahre zwischen 1579 und 1612 für das Amt Kronach erhaltenen "Malefizbuch" wurden vor allem schwere Diebstahls-, Mord-, Totschlags-, Ehebruchs- und Unzuchtsfälle von Centgerichten in Kronach verhandelt.
Nach dem Aussterben der Henneberger kommt die Stadt endgültig in den Besitz des Würzburger Hochstifts. Bischof Julius Echter erwarb nun das restliche Viertel von Burg, Stadt und Amt Münnerstadt mit Halsgericht und Zoll für 42000 Gulden von den Grafen von Stolberg als Erben Graf Albrechts von Henneberg-Schwarza.