Ebenhausen wird erstmals als Sitz eines edelfreien Geschlechts genannt.
Im Laufe des 14. und 15. Jahrhunderts wurde Stadt, Amt und Gericht Ebenhausen bzw. Teile davon immer wieder an Angehörige des Ritteradels versetzt.
Ludwig von Frankenstein erhält den Zehnt von Ebenhausen als Lehen vom Würzburger Hochstift.
Ebenhausen wird von den Grafen von Henneberg zur Stadt erhoben.
Heinrich VI. von Henneberg-Aschach verpfändet die Herrschaft Ebenhausen an Heinrich IV. Henneberg-Hartenberg. Heinrich IV. bekannte, dass sein Neffe Heinrich VI. und dessen Erben Burg und Stadt Ebenhausen, Gerichte, Zölle, Vorwerk, Zehnt und Eigenleute mit allem Zubehör für 200 Mark Silber zurücklösen könnten, wann immer sie wollten.
Graf Poppo von Henneberg und sein Sohn Berthold verpfänden laut Lorenz Fries Ebenhausen für 2000 Pfund Heller an Engelhart von Münster, Karl von Frankenberg, Poppo und Contz von Pferdsdorf sowie an Hans und Heinz von Bobenhausen.
Durch die allzu nahe Nachbarschaft zu Oerlenbach sinkt Ebenhausen erst zu einer kleinen Amtsstadt, dann zu einer Dorfgemeinde und schließlich zu einem Ortsteil Oerlenbachs ab.
Graf Berthold von Henneberg verkauft seine Herrschaft Burg und Stadt Ebenhausen samt Zubehör (u.a. mit "zentt, zenttgerihten") für 4500 Pfund Heller an das Hochstift Würzburg.
Der Würzburger Bischof Albrecht II. von Hohenlohe verkauft den Brüdern Engelhart, Herold und Otto von Münster nebst deren Neffen Heinz laut eingereihter Urkunde vom 8.2. eine jährliche Gült von 150 Pfund Heller auf die jährliche Stiftsbede in Ebenhausen und besonders in Arnstein.
Bischof Gerhard von Schwarzburg kauft von Konrad und Dietrich von Bickenbach Leibeigene u.a. in Rothenfels, Karlstadt, Ebenhausen, Gemünden und Arnstein.