Im 13. Jahrhundert entsteht die Stadt und bekommt Rechte verliehen.
Der Ort ist ein Würzburger Lehen der Henneberger.
Es wird ein plebanus genannt.
Die Burgsiedlung wird befestigt.
Der Ort wird wohl noch unter dem Henneberger Graf Poppo zur Stadt erhoben.
Es wurde ein Streit zwischen Würzburg und den hennebergischen (Halb-)Brüdern Heinrich III. und Hermann I. um den Bestand einer hennebergischen Befestigung inner- bzw. außerhalb des "alten Grabens" beigelegt.
Durch die Henneberger Erbteilung erhält der Würzburger Bischof nach vorhergehender Verpfändung Kissingens an Würzburg das Öffnungsrecht.
Poppo, der einzige Erbe des Grafen Hermann von Henneberg, unterstellt Kissingen dem Schutz des Würzburger Bischofs.
Zu unbekannter Zeit übertrug Hermann I. Kissingen seinem Sohn Poppo VIII. zu freier Verfügung, wie dieser in einer von ihm selbst ausgestellten Urkunde von 1279 kundtat, in welcher er Kissingen "oppidum nostrum" nennt.
Stadtpfarrkirche ist St. Jakob. Sie wurde 1286 als "neue Kirche" erwähnt.