Nach dem Aussterben der Grafen von Henneberg geht deren Anteil auf Sachsen über, das seinen aus 18 Häusern bestehenden Anteil durch das Amt Römhild verwalten lässt, bis dieser in bayerischer Zeit an Würzburg übergeht.
Carol Steinmüller ist in seiner Quelle von 1608 der erste namentlich erwähnte Schulmeister in Trappstadt und wirkt dort für 20 Jahre.
Die Gegenreformation gestaltet sich in Trappstadt schwierig. In einem Bericht aus dem Jahr 1597 heißt es: "noch jedermann lutherisch."
Es gibt einen ersten Nachweis einer Pfarrschule in Trappstadt. Solche Schulen gibt es in allen größeren Pfarrorten.
Im Dreißigjährigen Krieg, vor allem im Jahr 1631, leidet Trappstadt unter Truppendurchzügen, ohne dass allerdings nähere Informationen dazu vorliegen.
Regelmäßig werden Ganerbentage abgehalten. Der Vorsitz bei diesen geht nach langen Auseinandersetzungen zwischen Sachsen und Würzburg schließlich durch den Königshöfer Rezess (Vergleich) an das Haus Sachsen.
Die neue Pfarrkirche wird um 1683 erbaut und am 28. August 1710 geweiht. Über den Kirchbau sind kaum Informationen überliefert.
Das Domkapitel Würzburg kauft den Anteil des Klosters Veilsdorf an Trappstadt mit 28 Häusern von Sachsen-Hildburghausen.
Das neue zweiflügelige Schloss ist von einem Wassergraben umgeben. Die einfache Spätbarockanlage aus der Zeit kurz vor 1700 ist in einem bischöflichen Kopialbuch aus dem Jahr 1740 als adeliger Sitz festgehalten.
Die Ganerbenschaft gestattet Juden (Schutzjuden) das Ansässigmachen. Nur im würzburgischen Ganerbenviertel darf sich kein Jude niederlassen, gemäß fürstbischöflicher Verordnung. Im Jahr 1712 werden jüdische Einwohner urkundlich nachgewiesen. Es ist jedoch davon auszugehen, dass auch schon vorher Juden ansässig waren.