Weder im Baudenbacher Pfarrarchiv noch in anderen Archiven ist Material über die Existenz einer Kirche zu finden. Grund ist wahrscheinlich, dass ein Pfarrer die Akten der Pfarrei in die vermeintliche Sicherheit einer befestigten Stadt nach Neustadt a. d. Aisch bringt. Dort werden sie am 9. Juni 1553 durch den großen Stadtbrand im Bundesständischen Krieg vernichtet.
Die gesamte Kirchengemeinde von Frammersbach folgt dem Beispiel Graf Phillips III. von Rieneck und tritt zum evangelischen Glauben über.
Im Markgräflerkrieg legen feindliche Soldaten Wallenfels in Schutt und Asche. Auch die Kirche wird vollkommen zerstört. Dabei gehen der Wappenbrief, die ältesten Urkunden über Privilegien und Marktordnung und andere wertvolle Papiere verloren.
Nach dem Tod des Pfarrers Stahel wird der evangelisch wirkende Georg Weiß sein Nachfolger in Markt Bibart. Weiß ist regulär verheiratet, was für seine evangelische Gesinnung spricht. Ab diesem Zeitpunkt gehen auch die Stiftungen der Engelmesse und der Frühmesse in den Unterhalt des von der Gemeinde getragenen Pfarrers ein. Der Inhaber der Pfarrei muss jährlich 20 Gulden zum Unterhalt der Pfarrkirche entrichten.
Nach Zerstörung der St. Johanniskirche war die St. Sebastianskapelle das einzige Gotteshaus in Lenkersheim.
Die Hauptkirche St. Johannis in Lenkersheim liegt in Schutt und Asche.
Zwischen dem Markgrafen Albrecht II. Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach und den Städten Bamberg, Würzburg und Nürnberg gibt es eine Fehde. Dabei wird Lonnerstadt vom Markgrafen eingenommen und an seinen Oberleutnant Russen von Reusbach verschenkt. Die Truppen der vereinigten Städte rücken am 14.5. von Windsheim her gegen Lonnerstadt und drängen die markgräflichen Truppen hinaus. Bei diesen Kämpfen wird der Ort samt Kirche und Turm in Asche gelegt.
In Burgsinn entsteht die evangelische Pfarrgemeinde.
Im Jahr des Augsburger Religionsfriedens befiehlt der Graf von Öttingen den Aufkirchnern, bis zur Auseinandersetzung mit dem Deutschen Orden dem Pfarrer das nötige Einkommen zu reichen.
Zell wird zur selbstständigen Pfarrei erhoben.