Auf Befehl des Kurfürsten Friedrich III. wird in dessen Fürstentum und damit auch in Auerbach eine calvinistische Kirchenordnung eingeführt. Trotz des Widerstands der Auerbacher Bevölkerung werden 1574 durch einen richterlichen Beschluss alle noch vorhandenen Tabernakel, Statuen und Verzierungen in den Auerbacher Kirchen und Kapellen entfernt.
Die Prölsdorfer Pfarrer Johannes Weller und Georg Weinmann sind Lutheraner.
Wöhrd erhält wieder einen Pfarrer. Der Kirchenbau wird von neuem begonnen und 1569 zum Abschluss gebracht. Blitzeinschläge in den Jahren 1571 und 1606 verursachen nur geringe Schäden. Im Jahr 1679 erfolgt der Anbau einer Sakristei.
Markgraf Georg Friedrich I. von Brandenburg-Ansbach-Kulmbach bewilligt, dass die "Feldkirch" (Heilingskirche) oberhalb Wirsbergs abgerissen und davon eine Schule erbaut wird. Es wird aber vermutet, dass schon vorher ein Schulhaus existiert hat, das dann in den Kriegswirren des Bundesständischen Krieges (1555) mit dem Wirsberger Schloss abgebrannt ist.
Das für Lenkersheim zuständige Dekanat ist Neustadt a. d. Aisch.
Die Auswirkungen der Reformation machen sich in Burgsinn bemerkbar. Im Jahr 1564 führen Eberhard IV. von Thüngen und Bernhard III. von Thüngen die Augsburger Konfession ein. Sie berufen den ersten lutherischen Pfarrer, Jonas Lichtenfelser, ein. Diese erste lutherische Kirchengemeinde besteht bis 1631 und wird dann durch die kurmainzische Gegenreformation beseitigt.
Hans Adam von Wildenstein zu Schlopp verteidigt den Glaubenswechsel in Presseck gegen den Willen des Bischofs von Bamberg erfolgreich.
Das im Bauernkrieg zerstörte Schulhaus wird wieder aufgebaut. Allerdings brennt auch dieses nieder und wird auf Kosten der Kirche neu errichtet.
Der im Bauerkrieg niedergebrannte Pfarrhof in Buttenheim wird in drei Teilen wieder aufgebaut. 1566 wird der erste Teil wie ein Turm mit drei Stockwerken, 1660 der zweite Teil und schließlich 1703/22 der dritte Teil gebaut.
Der Friedhof wird von der Kirche an den Rand Remlingens verlegt.