Aus dem Königshof Wendelstein entwickelt sich ein Reichsamt, und als dessen Inhaber sind die Amman (Amtleute) bzw. Voit (Vögte) von Wendelstein urkundlich nachgewiesen.
Bis zum Ende des Mittelalters ist das oberste Gemeindeorgan in Wendelstein die Versammlung der Gemein, die von den Bürgermeistern einberufen wird. 1529 wird von beiden Gerichtsherrschaften jede Versammlung der Gemein verboten.
Der durch Kriegshandlungen, Hunger und Seuchen eingetretene Bevölkerungsverlust wird durch Emigranten, die während des Krieges und nach seinem Ende zuziehen, teilweise wieder ausgeglichen. Der Anteil der Emigranten an der Gesamtbevölkerung Wendelsteins beträgt etwa ein Zehntel und ist somit im Vergleich zu den umliegenden Orten nicht sehr hoch. Es handelt sich besonders um oberpfälzische, österreichische und böhmische Emigranten, die nach dem Dreißigjährigen Krieg ihres Glaubens wegen ihre alte Heimat verlassen und nach Wendelstein kommen. Ihre Namen können einer Schrift des Exulantenforschers Lic. Hermann Clauß entnommen werden. Einige Namen werden auch in den Kirchenbüchern Wendelsteins genannt.
Wendelstein liegt zehn Kilometer östlich von Schwabach. Der alte Ortsteil befindet sich in einer Flussschleife südlich der Schwarzach.
Aus dieser Zeit stammen die ältesten archäologischen Funde aus der heutigen Marktgemeinde Wendelstein. Es handelt sich um als Lesefunde geborgene Steinwerkzeuge.
Ein zeittypisches Hügelgrab mit Steinaufschüttung ist der bislang einzige ergrabene Beleg für die Besiedlung des Wendelsteiner Raumes in dieser Zeit.
Es entstehen viele neue Siedlungsgebiete im Wendelsteiner Raum, was durch Ausgrabungsfunde (Einzelscherben, rekonstruierbare Gefäßreste, Hüttenlehm vom Verputz der früheren Hofstellen, tönerne Webgewichte und Fragmente von Mahl- und Kochsteinen) belegt ist.
1984 wird in Wendelstein ein Gräberfeld aus dieser Zeit entdeckt, das aus zehn urnenfelderzeitlichen Gräbern besteht. Grabbeigaben sind unter anderem Bronzegegenstände und Trachtgegenstände wie Gewandnadeln.
Es entstehen zwei verschiedene Gemeinwesen: Das eigentliche Wendelstein südlich der Schwarzach im alten Schwabacher Königshofgebiet mit dem Gericht und der Holzmark und der Ort "Wendelstein am Berg" im Altdorfer Königshofgebiet mit den Steinbrüchen und dem Berggericht.
In Wendelstein gibt es eine Zollstätte beim Übergang über den Fluss Schwarzach. Die Einnahmen sind jedoch aufgrund der Lage abseits vom Fernverkehr nicht so hoch wie bei den benachbarten Zollstätten in Neuses, Erichsmühle und Röthenbach.