Herrnsheim wird evangelisch. Die Konfession im Ort wechselt mehrfach, insbesondere während des Dreißigjährigen Krieges.
Graf Johann der Jüngere von Schwarzenberg verleiht Herrnsheim das Marktrecht. Der Markt wird seither am Sonntag vor Jakobi gefeiert. Das ebenfalls verliehene Wappensiegel zeigt einen Zinnenturm und eine Figur, die teilweise als "Herr" und teilweise als Johannes der Täufer interpretiert wird. Die Umschrift auf dem Siegel lautet: S. DER ZWOELF ZU MARKHERNSTHEIM 1583.
Im Kitzinger Rezess einigt man sich für Herrnsheim auf ein Simultanverhältnis für das Gotteshaus, welches bis heute besteht. Die Konfession hatte zuvor mehrfach gewechselt.