Das Würzburger Hochstift verpfändet das Amt Neideck, zu dem Pretzfeld gehört, langfristig an die Schlüsselberger, so dass diese es bald wie Eigentum behandeln.
Im 14. Jahrhundert ist nur ein Fronhof als bischöflicher Besitz in Pretzfeld nachweisbar (1323/28). Der Hof bleibt als bischöfliches Lehen in den Händen des Geschlechts von Wiesenthau. Erst in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts erweitert sich der bischöfliche Grundbesitz zunehmend.
Die Kirche Pretzfeld erhält eine größere Zuwendung von Gottfried von Schlüsselberg, der in Pretzfeld auch Lehensgut besitzt.
Das Patronatsrecht und der Zehnt Pretzfelds gehört als Würzburger Lehen Konrad II. von Schlüsselberg.
Das Patronatsrecht über die Pretzfelder Kirche wird Konrad von Schlüsselberg übertragen.
Bereits relativ früh scheint es jüdische Einwohner in Pretzfeld gegeben zu haben. Zahlreiche Juden, die infolge des Pogroms von 1298 Nürnberg verlassen, werden von den Schlüsselbergern, auch im Gebiet Pretzfeld, aufgenommen.
Laut Vertrag von Iphofen (1349) fällt die Pfarrei Pretzfeld nach Konrad von Schlüsselbergs Tod an Würzburg zurück.
Nach dem Tod Konrads II. von Schlüsselberg, am 14.9.1347, fällt das Schlüsselberger Territorium, unter anderem auch Pretzfeld, im Vertrag von Iphofen am 12.5.1349 zunächst als gemeinsamer Besitz an Bamberg und Würzburg.
Nach dem Tod Konrads II. von Schlüsselberg fallen Patronatsrecht und Zehnt Pretzfeld an das Bistum Würzburg zurück. Bischof Albrecht II. (von Hohenlohe) schenkt daraufhin das Patronat und einen Teil des Zehnts dem Frauenkloster Schlüsselau, was am 1.3.1350 durch die Äbtissin Anna bestätigt wird.
Der Bamberger Bischof Friedrich I. (von Hohenlohe) vereinigt die Pfarrei Pretzfeld für immer mit dem Kloster Schlüsselau und inkorporiert sie demselben auf Bitten der Äbtissin Anna und ihres Konventes.