Würzburg tritt seinen Anteil an der Schlüsselberger Hinterlassenschaft an Bamberg ab. Damit ist Pretzfeld nun endgültig der Bamberger Kirche zugeordnet. Pretzfeld ist zu dieser Zeit eine der größten Pfarreien, der zeitweilig 39 Orte einverleibt sind.
Die Dorfordnung aus dem Jahre 1480 zeugt von dem hohen Alter des gemeindlichen Lebens in Pretzfeld und weist damit auf die frühe Entstehung der Gemeinderechte hin.
Der Ritter Georg Sebastian Stiebar (1563-1625) trägt besonders dazu bei, Luthers Lehren zu verbreiten. Er baut eine Schlosskapelle und kauft 1595 mit dem Rittergut Wolkenstein die alte Kirche zu Moggast und stellt dort einen evangelischen Pfarrer ein. Dadurch eskaliert das Verhältnis zum Bamberger Bischof. Im Zuge der Gegenreformation kann der Bischof in Pretzfeld selbst wieder die konfessionelle Oberhand gewinnen.
In Pretzfeld gelangt nahezu der gesamte bäuerliche Besitz im Laufe der Zeit unter die Herrschaft von Grundherren. Das letzte freieigene Anwesen Pretzfelds wird 1543 einer Grundherrschaft unterstellt.
Durch Georg Sebastian Stiebar von Buttenheim zu Pretzfeld, Inhaber des dortigen Rittersitzes, nimmt die reformatorische Entwicklung ihren Lauf. Durch die Einrichtung einer Schlosskapelle (um 1590) sowie durch den Erwerb der Pfarrei Moggast (1615) eskaliert das Verhältnis zum Bischof.
Die Pretzfelder Dorfverfassung belegt wichtige Einzelheiten über die Verteilung der Gemeinderechte und baut auf den Text der Dorfordnung von 1480 auf. Sie wird durch Fortschreibung bis ins 19. Jahrhundert weitergeführt.
Bamberg kann erst über die Pfründe und Erträge der Pfarrei bestimmen, als sich die Zisterzienserabtei Schlüsselau aufgrund der Reformation auflöst. Pretzfeld wird Oberpfarrei und die Pfründe werden an Dom- und Stiftsherren vergeben.
Gegen Ende des 16. Jahrhunderts steigt die Zahl der Juden in Pretzfeld wieder und es bildet sich erneut eine stattliche Judengemeinde. Die Zahl der Familien steigt bis 1605 auf 17, 1612 auf 25 und Ende der 1620er Jahre auf mehr als 30 Familien.
Die Epoche der Oberpfarrer in Pretzfeld endet und es werden fortan selbständige, am Ort wirkende Pfarrer ernannt.
Nach dem Ende des Dreißigjährigen Krieges wird Pretzfeld wieder mehrheitlich römisch-katholisch.