Auerbach erwirkt die Erlaubnis König Wenzels IV., in der Stadt Weingärten anzulegen.
Truppen König Ruprechts III. erobern Auerbach. Auerbach wird während des Verteidigungskampfes durch einen Brand so schwer beschädigt, dass es die darauffolgenden zwölf Jahre von allen Abgaben befreit wird.
Auerbach wird von der Kurpfalz zurückerobert und gehört in der Folgezeit ab 1410 zum Teilherzogtum Neumarkt-Neunburg, ab 1499 zum Fürstentum der Oberen Pfalz (in Bayern), mit dem Auerbach später im Kurfürstentum Bayern aufgeht.
König Ruprecht III. teilt sein Herrschaftsgebiet unter seinen Söhnen auf, sodass Pfalzgraf Johann neuer Herr über Auerbach und Umland wird.
Pfalzgraf Johann bestätigt den Bürgern Auerbachs in einer Urkunde alle Gnaden und Freiheiten.
Im Jahr 1429 besetzen Hussiten das bereits von den meisten Bürgern verlassene Auerbach und verwüsten es vollständig. Dabei kommt es zu erheblichen Brandschäden. Pfalzgraf Johann erlässt daraufhin der Stadt auf 15 Jahre alle Steuern. Zudem stiftet er 1431 den "Bürgerwald", welcher sich noch heute im Besitz der Stadt befindet.
Nach dem Tod des Pfalzgrafen Johann erhält dessen Sohn Christoph, der gleichzeitig König von Dänemark ist, das oberpfälzische Teilfürstentum mit Auerbach. Nach dessen Tod geht es auf dessen jüngeren Bruder, Otto I. von Mosbach, anschließend wiederum auf dessen Sohn Otto II. über.
Otto II. erkennt in einem Vertrag die böhmischen Ansprüche von Neuböhmen an und nimmt u. a. Auerbach vom Böhmenkönig zu Lehen. Auerbach ist somit böhmisches Lehen. Nach dem Tod Ottos 1499 fällt sein Land und damit Auerbach mit Amberg als Hauptstadt an die Kurzpfalz zurück.
Heinrich Stromer wird in Auerbach als Sohn einer aus Nürnberg eingewanderten Familie geboren. Er wird später Leipziger Universitätsprofessor und Arzt. Er verfasst u. a. das Rechenbuch "Algorithmus linealis" und spielt während der Reformation eine wichtige Rolle in Leipzig.
Nach dem Tod Ottos II. und dem Aussterben der Linie der Pfalzgrafen von Mosbach fällt Auerbach an die Kurpfalz.