Der Wegezoll sowie der Zoll von den durchziehenden Juden ist Hoheitsrecht und steht in Burgsinn ursprünglich den Herren von Thüngen zu. Im Jahr 1601 verlangt jedoch die Gemeinde den Wegezoll von Rieneck herauf und den Zoll von den durchziehenden Juden. Auch 1624 und 1631 kommt es diesbezüglich zu Auseinandersetzungen.
Während des Dreißigjährigen Krieges und erstmals im Jahr 1619 hat Burgsinn wiederholt unter Einquartierungen bayerischer, österreichischer, schwedischer, französischer und spanischer Truppen zu leiden. Die Soldaten bringen auch Krankheiten mit sich: Im Jahr 1626 sterben 37 Einwohner Burgsinns an der Diphterie oder Ruhr und sechs Einwohner an der Pest.
Die heutige katholische Kirche Burgsinns ist der dritte Kirchenbau an gleicher Stelle. Die beiden vorherigen Bauten entstehen 1623 und 1805. Der Kirchturm entstammt noch dem Bau von 1623.
Um sich aus der Herrschaft der Herren von Thüngen zu lösen, schließt die Gemeinde Burgsinn einen Schutzvertrag mit dem Kurfürstentum Mainz ab.
Der Schutzvertrag mit Kurmainz überlässt der Gemeinde Burgsinn das Wegegeld. Der Bescheid des Vollzugsausschusses von 1699 aber beschränkt sie wieder auf den Wegezoll von Rieneck nach Burgsinn.
Mainz wird nach der Reichsacht über die Herren von Thüngen und deren Vertreibung Schutzherr über Burgsinn. Der evangelische Pfarrer flieht aus Burgsinn. Im Jahr 1631 wird erstmals seit 67 Jahren wieder ein katholischer Pfarrer eingesetzt. Die Pfarrei gehört seither zur Erzdiözese Mainz.
Aufgrund des siegreichen Vordringens des Schwedenkönigs Gustav Adolf II. während des Dreißigjährigen Krieges muss sich Kurmainz aus Burgsinn zurückziehen. Während der Schwedenzeit wird die Herrschaft der von Thüngen in Burgsinn wiederhergestellt.
Nach der schwedischen Niederlage in der Schlacht von Nördlingen 1634 nimmt Mainz im Jahr 1635 wieder von Burgsinn Besitz. Noch im gleichen Jahr versucht der Ehemann der Eva Marie von Thüngen, Ernst Konrad von Lampes, die Herrschaft über Burgsinn an sich zu bringen. Er scheitert jedoch mit diesem Vorhaben an der Übermacht der Kurmainzer. Mainz lässt das kaiserliche Regiment in Burgsinn einrücken, die Güter der von Thüngen werden den Bauern preisgegeben und die beiden Schlösser verwüstet.
Während des Dreißigjährigen Krieges wird die Wasserburg in Burgsinn erfolglos durch Mainz beschossen.
In Folge des Westfälischen Friedens und weil Burgsinn im "Normaljahr 1624" lutherisch war, schreibt Kurmainz an die Thüngenschen Vormünder, Johann Friedrich von Frankenstein und Amalie Magdalene von Thüngen, dass die katholischen Pfarrer von Burgsinn abgerufen seien und sie wieder lutherische einsetzen können. Diese antworten am 16.1.1652, dass sie dies nicht könnten, weil sie nicht im Besitz von Burgsinn wären. Daraufhin schickt Mainz zwei Kapuziner-Missionare nach Burgsinn, um die Rückführung zur katholischen Kirche zu vollenden.