Aufgrund der Pest flüchtet der Statthalter zusammen mit der Regierung aus Amberg nach Auerbach. Auerbach ist vom 11.8.1613 bis zum 25.1.1614 Sitz der Regierung.
Auerbach ist immer wieder von den Auswirkungen des Dreißigjährigen Krieges (Truppendurchzüge, Raub, Einquartierungen, Plünderungen und Krankheiten) betroffen.
Bayerische und kaiserliche Truppen treffen in Auerbach ein. Die Bevölkerung leidet in den folgenden Jahren unter Plünderungen, Brandschatzungen, Durchmärschen und Einquartierungen.
In einem Verzeichnis finden sich Angaben zu den bereits zum Katholizismus bekehrten Bürgern Auerbachs, zu solchen, die noch nicht bekehrt worden sind, sowie solcher, die die Auswanderung der Bekehrung bereits vorgezogen haben. Kurfürst Maximilian stellt seinen Untertanen Termine, bis wann sie sich zu Katholiken erklären müssen, wenn sie nicht das Los der Auswanderung auf sich nehmen wollen.
Kurfürst Maximilian erhält im Februar des gleichen Jahres die Oberpfalz und die rechtsrheinische Unterpfalz als Pfand für seine Kriegskosten. Daher findet im April eine Huldigung statt, an der auch Vertreter aus Auerbach teilnehmen. Mit dem Kurfürsten Maximilian und der Eingliederung der Oberpfalz als Teil des Kurfürstentums Bayern beginnt die Rückkehr zum Katholizismus.
Auerbach wird durch bayerische Truppen zurückerobert und von diesen geplündert.
Der in schwedischen Diensten stehende Generalmajor Vitzdom von Eckstätt bringt Auerbach in seine Gewalt. Mit den Schweden kehrt auch die lutherische Religion zurück.
Die Auerbacher Bevölkerung hat neben Plünderungen und Durchzügen auch unter einer Reihe von Seuchen zu leiden, die meist als "Pest" bezeichnet werden.
Ein ca. 15000 Mann starkes Heer der Schweden kommt nach Auerbach und errichtet dort sein Hauptquartier und Proviantlager.
In Auerbach tritt die Pest auf.