Bis auf drei Bauernhöfe gehören alle übrigen Einwohner und Güter Ammerndorfs zum Kloster Heilsbronn.
Durch Ammerndorf verläuft einer der ältesten Verkehrswege der Region. Als "mittelgermanische Straße" bildet dieser die Fortsetzung der von Rom über Augsburg führenden Via Claudia. Als "uralter Völkerweg" ging die Via Claudia über Clarsbach, Roßtal, Buttendorf, Ammerndorf, Schwadermühle, Seukendorf, Veitsbronn nach Herzogenaurach.
Die siedlungsgeschichtliche Forschung zählt Ortschaften, die auf "-dorf" enden und eine bestimmte Flurgröße haben, zu den Urdörfern. Der Fläche nach gehört Ammerndorf zu den größeren Ortschaften, was dafür spricht, dass es zu einer Zeit gegründet wurde, als noch genügend Land vorhanden war.
Ammerndorf wird als Straßendorf mit einem Marktplatz an der Straße angelegt, die entlang des Biberttales führt und später die Reichsstädte Nürnberg und Rothenburg o. d. Tauber verbindet.
Dem Ortsnamen Ammerndorf liegt der Personenname "Amalrat" oder "Amelrat" zugrunde. Der Personenname geht in der Regel auf jene Persönlichkeit zurück, die in der Zeit der fränkischen Landnahme bei der Gründung des Ortes entweder als Anführer oder als Grundherr beteiligt war.
Der Roßtaler Königshof, in dessen Grenzen wohl auch Ammerndorf liegt, entsteht
Mit der Gründung des Bistums Bamberg durch König Heinrich II. (ab 1014 Kaiser HRR) gehört Roßtal und somit auch Ammerndorf und Umgebung zum Bistumssprengel Bamberg (dies ist in den ältesten Bamberger Urkunden belegt).
Für Ammerndorf sind folgende Ortsnamenformen in schriftlichen Quellen überliefert: Amelradorf (1246), Amilradorf (1249), Amelrotdorff (1386), Amreithdorff (1390), Ammelratzdorf (1402), Amalratdorf (1410), Ammerdorf (1414), Amaratstorff (1430), Ammerndorf (1438), Amerstorf (1449), Ambersdorf (1504).
Ammerndorf wird erstmals urkundlich erwähnt: Die Burggrafen Conrad I. und sein Sohn Friedrich II. von Nürnberg erklären, dass sie zugunsten des Klosters Heilsbronn auf ihre angeblichen Herrschaftsrechte über Güter und Personen in Ammerndorf ("Amelratorf") verzichten.
Papst Innozenz IV. nimmt das Heilsbronner Marienkloster samt Klosterbesitz, darunter auch "Amilradorf", in seinen Schutz.