Nach dem Aussterben der Henneberger kommt die Stadt endgültig in den Besitz des Würzburger Hochstifts. Bischof Julius Echter erwarb nun das restliche Viertel von Burg, Stadt und Amt Münnerstadt mit Halsgericht und Zoll für 42000 Gulden von den Grafen von Stolberg als Erben Graf Albrechts von Henneberg-Schwarza.
1585 beginnt ein Konflikt des Grafen Ludwig von Löwenstein mit dem Kloster Brombach um die Pfarre in Dörlesberg. Der Graf entsendet die Bürger mehrere Male, lässt sie 1588 mustern und mit Feuerwaffen ausrüsten. Es kommt allerdings nicht zu einer Schlacht.
Herzog Johann Casimir von Sachsen-Coburg verleiht das Marktrecht.
Der Würzburger Bischof Julius Echter von Mespelbrunn kann mit Unterstützung seines Amtskellers Johann Schilling durch Ausweisung und andere Gewaltmaßnahmen den Protestantismus in Neustadt und den umliegenden Gemeinden völlig unterdrücken.
Die Neustädter Bürger, die trotz der Repressalien des Würzburger Bischofs Julius Echter von Mespelbrunn protestantisch bleiben wollten, müssen in der Weihnachtszeit des Jahres 1587 die Stadt verlassen. Es sollen 91 Familien von ca. 600 Haushalten gewesen sein.
Die Gräfin von Eberstein teilt die "Oberzent" auf, Marktheidenfeld geht an Graf Dietrich von Manderscheid.
Graf Dietrich von Manderscheid übernimmt die Herrschaft über Wertheim.
Die Stadt Wertheim hat sechs Stadttore und vier kleine Tore. Der Stadtrat besteht aus 24 Mitgliedern, von welchen zwölf Teil des Gerichts sind. Der Stadtrat wählt alle Jahre zwei Bürgermeister, von denen einer 12 Gulden bekommt. Der Schultheiss erhält 30 Gulden, der Stadtschreiber 20 Gulden und der Stadtknecht 17 Gulden 20 Kreuzer. Die Grafen von Wertheim erhalten Abgaben in Höhe von 1000 Gulden.
Die Zahl und Zusammensetzung der Truppen, die die Grafen von Wertheim in Freudenberg und Marktheidenfeld besitzen, werden aufgelistet.
Im 17. Jahrhundert wird Königsberg unter den Herzögen von Sachsen-Weimar mehr und mehr seiner alten politischen Rechte beraubt und verliert mit dem allmählichen Rückzug des Adels aus der Stadt die gesellschaftlichen, durch ständige Verminderung seines Amtsgebietes inmitten großer Territorien auch seine politische und wirtschaftliche Stellung.