Hammelburg bekommt das Siegelrecht und das Recht auf einen Magistrat durch den Fuldaer Abt Konrad verliehen.
Der fuldische Abt Konrad III. von Malkoz lässt Hammelburg mit einem festen Mauerring umgeben.
Der fuldische Abt Konrad III. verleiht um 1240 den Bürgern von Hammelburg die Stadtrechte aus fuldischem Privileg und das Recht, ein Siegel zu führen.
1246 versuchen das Hochstift Würzburg und die Grafen von Henneberg gegen Fulda vorzugehen und einen Angriff auf Hammelburg zu beginnen, da man den Abbruch von dessen Ummauerung verlangte. Dieses sowie weitere Unternehmen von 1283, 1342 und 1385 konnten von Fulda abgewehrt werden.
Der Fuldaer Abt Heinrich IV. von Erthal lässt um 1260 die Wehranlagen Hammelburgs weiter ausbauen.
Das älteste Zeugnis für die Anwesenheit von Juden in Lohr stellt das Martyrologium des Nürnberger Memorbuchs von 1298 dar, wo außerdem von Judenverfolgungen in Karlstadt, Rieneck, Hammelburg, Gemünden und Arnstein berichtet wirde, woraus zu schließen ist, dass an diesen Orten eine größere Zahl von Juden gelebt haben dürfte.
Dem Ort werden von König Albrecht I. von Habsburg die Gelnhäuser Rechte und Freiheiten bestätigt.
Unter dem Fuldaer Abt Heinrich VI. von Hohenburg (1315-1353) wird ein Spital in Hammelburg erbaut.
Aufgrund eines Bündnisses mit Graf Hermann von Henneberg überlässt der Abt von Fulda diesem 1351 einen Teil der Stadtbede von Hammelburg.
Kaiser Karl IV. bestätigt der Stadt ihre Rechte.