Auch aus dieser Zeit gibt es viele Funde im Gebiet von Gaimersheim. Sie wurden an den gleichen Stellen gemacht, an denen schon die vorausgehenden Siedlungen der Urnenfelderzeit festgestellt worden waren.
Die römische Besiedlung findet in den Alamannenstürmen ihr Ende. Es finden sich germanische Funde aus dieser Zeit, und es ist anzunehmen, dass aus diesen ersten Siedlungskeimen der spätere Ort Gaimersheim hervorgegangen ist.
Seit dieser Zeit ist eine kontinuierliche Besiedlung des Gaimersheimer Gebiets durch Reihengräber erwiesen.
Aus ersten Siedlungsspuren geht ein fränkisches Herrengut um das Gebiet des späteren Gaimersheim hervor.
Um die Reste eines zerfallenen Kastells bei Gaimersheim siedeln während der Landnahme durch germanische Völkerstämme die eingewanderten Bajuwaren, die hier fruchtbaren Boden und das lebensnotwendige Wasser vorfinden. In dieser Zeit entsteht wahrscheinlich eine bajuwarische Siedlung.
Wie der Name "Gaimersheim" entstanden ist, lässt sich nicht mehr feststellen. Das Herleiten von einem germanischen Eigennamen Gaumar, "der im Gau Berühmte", ist den ganzen Umständen nach wahrscheinlicher als die Ableitung von "Gau-Maior", "Gaumeier", da im Mittelalter eher Eigennamen von Herrschaftsträgern als deren Funktionsbezeichnungen zur Ortsnamensbildung herangezogen wurden; auch ist eine Amtsbezeichnung "Gaumeier", etwa in Analogie zu "Hausmeier" ungewöhnlich. Nach einer anderen, weniger verbreiteten Ansicht soll Gaimersheim seinen Namen vom Heim der Gaimar, einer Tochter Kaiser Karls des Großen, herleiten.
Die Grundherren in der Gemarkung Gaimersheim sind die Grafen von Ebersberg.
Es wird eine Kirche in Gaimersheim errichtet.
Die Schreibung des Namens "Gaimershaim"/"Geimersheim" ist bereits völlig verfestigt.
Gaimersheim wird erstmals in den Quellen genannt. Graf Eberhard II. von Ebersberg errichtet das Kloster Geisenfeld. Als Fundationsgut hierzu stiftet er unter anderem seinen ganzen Besitz zu Gaimersheim. Zu dieser Zeit besteht die Pfarrei Gaimersheim bereits; der ebersbergische Lehenhofsverband ist mit dem Pfarrsprengel identisch. Erste Äbtissin und neue Herrin von Gaimersheim wird Gerbirgis, die Nichte des Gründers. Sie erhält auch das Besetzungs- bzw. Vorschlagsrecht auf die Pfarrei.