In Rothenkirchen beginnt die Gegenreformation. Die wird gestützt durch das im katholischen Kronach liegende Patronatsrecht.
Rothenkirchen liegt im Tal der Haßlach zwischen Kronach und Thüringen. Es liegt im Schnittpunkt mehrerer Seitentäler und ist von bewaldeten Schieferbergen umgeben. Markant hebt sich der Kirchturm der spätmittelalterlichen Kirche aus dem Anfang des 17. Jahrhunderts hervor.
Die Kirche in Rothenkirchen mit dem stattlichen Turm wird vor dem Schwedenkrieg erbaut, ein Wappen aus dem Jahre 1490 aus der älteren Kirche wird am Chor eingesetzt.
An der neu erbauten Kirche in Rothenkirchen ist das Renaissanceportal beachtlich, welches als Symbol für den Einfluss des Ortsadels derer von Würtzburg zu sehen ist.
In der Gegend Rothenkirchens sind mehr als Dreiviertel der Bewohner im Dreißigjährigen Krieg ums Leben gekommen.
Nachdem sich die Rothenkirchener Herren von Würtzburg im Dreißigjährigen Krieg auf die Seite der Protestanten um Gustav II. Adolf von Schweden schlagen, wird Rothenkirchen mehrmals angegriffen und die dortige Burg zerstört.
Rothenkrichen ist von der Pest betroffen.
Rothenkirchen leidet unter Truppendurchzügen der kaiserlichen Armee.
Rothenkirchen geht von den Herren von Würtzburg an das Hochstift Bamberg zurück.
Das Hochstift Bamberg erwirbt die Herrschaft Rothenkirchen von den von Würtzburgs, welche in finanzielle Schwierigkeiten geraten waren.