Schenk Carol von Limpurg führt in seinen Besitzungen die Reformation ein. Obwohl für Einersheim keine genauen Daten der Einführung der Reformation bekannt sind, ist davon auszugehen, dass diese mit Castell parallel verlaufen ist.
Für Einersheim ist erstmals ein Schulhaus belegt.
Einersheim kommt in den Besitz des Schenken Friedrich VII. von Limpurg-Speckfeld. Dieser führt im Jahr 1588 die württembergische Kirchenordnung ein und somit führt er das Reformationswerk des Schenken Carol von Limpurg fort. Die württembergische Kirchenordnung löst damit die markgräflich-ansbachische ab.
In Einersheim sterben ca. 100 Menschen an der Pest.
Einersheim ist erneut von der Pest betroffen.
Einersheim hat während des Dreißigjährigen Krieges unter Einquartierungen, Plünderungen und Kontributionen zu leiden. Nach Ende des Krieges sind für den Markt nur noch sechs Haushaltungen belegt. Die meisten Häuser stehen leer.
Während des Dreißigjährigen Krieges kommen vier Kompanien kaiserlicher Truppen in das limpurgische Gebiet und errichten in Markt Einersheim ihr Hauptquartier.
Während des Dreißigjährigen Krieges führt der Amtskeller Ott von Iphofen den Befehl des Bischofs von Würzburg aus, Einersheim zu besetzen und die Bevölkerung zum katholischen Glauben zurück zu zwingen. Es wird ein katholischer Pfarrer eingesetzt. Er leistet damit dem Religionsmandat des Würzburger Bischofs vom 18.2.1628 Folge. (Franz Vogel gibt in den bearbeiteten Aufzeichnungen des Einersheimer Pfarrers August Bomhard für dieses Ereignis ein anderes Datum an: 27.11.1628)
Schenk Georg Friedrich zu Limpurg, der im Dienst des Schwedenkönigs steht, rückt nach Einersheim vor und setzt wieder einen evangelischen Pfarrer ein.
Einersheim ist Schlachtfeld zwischen Schweden und Friedländern. Letztere dringen in das Schloss Speckfeld ein und plündern es.