Das Wappen Lonnerstadts erscheint erstmals als Bild in einem größeren Marktsiegel. Es zeigt eine goldene Hopfendolde auf rotem Grund, was auf den einst stark betriebenen Hopfenbau hinweist. Um einer Verwechslung mit einer Weintraube vorzubeugen, wurde die Dolde stets schräg aufwärts und ohne Blatt dargestellt.
Der Lonnerstädter Großgrundherr Nikolaus Hieronymus Paumgärtner stirbt ohne männliche Nachkommen. Sein Besitz gelangt nun in verschiedene Hände: Die würzburgischen Lehen (23 Anwesen) fallen an den Bischof von Würzburg zurück, seine Eigengüter gelangen endgültig an seine Schwester Anna Maria Imhof, und den Burgstall erhält nun die Stadt Nürnberg von Kaiser Matthias (HRR) zu Lehen. Nürnberg unterhält in Lonnerstadt einen Vogt.
Lonnerstadt hat sehr unter dem Dreißigjährigen Krieg zu leiden.
Lonnerstadt ist erst mit bambergischen und würzburgischen Truppen belegt, dann mit anderen und 1621 liegt in Lonnerstadt Kapitän Redwitz mit einer Fahne.
In Lonnerstadt werden hollsteinische Reiter einquartiert als eine der ersten Auswirkungen des vorläufig noch "Böhmischen Krieges".
Fünf französische Reiterkompanien quartieren sich in Lonnerstadt ein. Sie plündern den Ort, führen Geld, Getreide, Kleider und Pferde mit hinweg, misshandeln die Einwohner brutal und ermorden schließlich den hiesigen Zimmermann Jörg Späth.
Hannß Dieterich ist Schulmeister in Lonnerstadt.
Im Kirchensprengel Lonnerstadts sterben knapp 20 Menschen an der Pest.
Auf Betreiben des Würzburger Bischofs Philipp Adolf (von Ehrenberg) und des Bamberger Bischofs Johann Georg II. (Fuchs von Dornheim) rücken der Schlüsselfelder und der Höchstädter Amtmann mit 400 Musketieren in Lonnerstadt ein, vertreiben den hiesigen Geistlichen Johannes Schuster und setzen an dessen Stelle den katholischen Messpriester J. G. Göpfert. Noch im selben Jahr erzwingen sie - unter einem ähnlich großen Aufgebot von 200 Mann - die katholische Trauung des Lonnerstädter Schulmeisters Hanns Dietrich.
In Lonnerstadt lagern vom Schwedenkönig Gustav II. Adolf zurückgelassene Truppen.