Helmstadt gehört zum wertheimischen Amt Remlingen.
In den Orten, welche im Lehensbrief von 1556 als würzburgische Lehen bezeichnet worden waren, lässt sich Freiherr von Krichingen als Bevollmächtigter des Hochstifts Würzburg die Erbhuldigung leisten, darunter auch in Helmstadt.
Nach vielen Streitigkeiten um die Zent Remlingen mit den Dörfern Marktheidenfeld, Tiefenthal, Erlenbach, Billingshausen, Helmstadt, Üttingen, Ober- und Unteraltertheim, halb Lengfurt und 40 Morgen Äcker bei Homburg und andere wird diese schließlich nach dem Tod der letzten Erbtochter des Grafen Stolberg (Schwiegervater des Wertheimer Grafen Michael III.) als erledigtes Lehen vom Hochstift Würzburg eingezogen.
Im gleichen Jahr wie die Zent Remlingen fällt auch das Amt Remlingen, dem Helmstadt angehört, dem Hochstift Würzburg anheim. Dieses Amt, das im Wesentlichen für die Dorf- und Grundherrschaft und die niedere Gerichtsbarkeit (Vogtei) zuständig war, muss wohl zwischen 1409 und 1424 gegründet worden sein, da um 1409 noch der Amtmann von Wertheim zuständig war und erst 1424 von einem Remlinger Amtmann berichtet wird.
Als das Amt Remlingen nach dem Tod der letzten stolbergschen Tochter Elisabeth, Verwitwete von Kirchingen, an das Hochstift Würzburg kommt, wird die Gegenreformation auch in Helmstadt, das zum Amt Remlingen gehört, durchgeführt.
Der Würzburger Bischof Julius Echter (von Mespelbrunn) erlässt für die Dörfer Helmstadt und Holzkirchhausen eine neue gemeinsame Pfarreistiftung und unterstellt die Pfarrei dem von ihm neueingerichteten Choramt Lengfurt.
Eine Huldigung an den Vogteiherrn Haller von Hallerstein zu Kalchreuth und Helmstadt wird ausgesprochen.
Erst nach langen Streitigkeiten und Verhandlungen werden Ernst Haller und seine noch lebenden Söhne nach 40-jähriger Wartezeit vom Würzburger Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn) mit Helmstadt belehnt, wodurch Helmstadt aus dem Verband des Amtes Remlingen ausscheidet und ein eigenes Vogteiamt bildet. Ernst Haller von Hallerstein hatte sich seit 1574 vergeblich bemüht, das Dorf Helmstadt als Afterlehen zu erhalten.
Bereits vier Jahre nach Belehnung der Haller mit Helmstadt sind sowohl Ernst Haller als auch die beiden verbleibenden Söhne verstorben. Helmstadt geht somit an den einzigen Sohn aus der Ehe des Johann Wilhelm Haller I. und Klara Imhof, Hans Wilhelm Haller II., über. Da dieser erst 1617 geboren wurde, geht das Lehen an dessen Vormünder.
Eine Akte des Jahres 1621 belegt, dass in Folge der Rekatholisierung aus Helmstadt acht Familien aufgrund ihrer Religion in die Grafschaft Castell auswandern.