Helmstadt ist Sitz einer sehr alten Pfarrei mit Martinspatrozinium, die seit diesem Zeitpunkt dem Kloster Holzkirchen inkorporiert ist.
Mit dem Übertritt Graf Georgs II. von Wertheim zur Lehre Luthers werden nach und nach alle Dörfer der Grafschaft reformiert. Helmstadt wird also in den 30er Jahren ebenfalls evangelisch. Im Jahr 1530 wird Paulus Klug als erster evangelischer Pfarrer genannt.
Mit dem Tod des Grafen Michael III. von Wertheim erlischt das Grafengeschlecht der Wertheimer. Kurz vor seinem Tod vermacht Michael III. die Dörfer Helmstadt und Üttingen seinen beiden Amtmännern Friedrich von Ratzenberg und Nikolaus Haas zu Freudenberg als erbliches Afterlehen. Nach dem Tod des Grafen erhält Ratzenberg Üttingen und Haas Helmstadt.
Nach dem Tod Nikolaus Haas erbt dessen Tochter Dorothea Helmstadt. Da diese noch minderjährig ist, überlässt sie das Dorf wieder dem Grafen von Stolberg zu einem jährlichen Lehenszins von 200 Gulden.
Weil die jährlichen Einkünfte des Ortes Helmstadt den jährlichen Lehenszins übersteigen, zu dem der Ort dem Grafen von Stolberg von Dorothea Haas überlassen worden ist, gesteht der Graf ihr eine einmalige Entschädigung von 1000 Gulden zu; diese Summe wird jedoch nicht sofort ausgezahlt.
Helmstadt fällt an den Nürnberger Patrizier Ernst Haller von Hallerstein.
Nach dem Tod Graf Ludwigs von Stolberg beginnt unter dessen drei Töchtern das Ringen um die Grafschaft. Zunächst geht der Ehemann der Tochter Anna, Graf Ludwig II. von Löwenstein, als Sieger hervor. Das Hochstift Würzburg macht ihm jedoch die Orte streitig, die im Lehenbrief von 1556 als würzburgische Lehen erwähnt worden waren, wozu auch Helmstadt gehört.
Als erster namentlich bekannter Helmstadter Schulmeister wird Bernhard Schlüpfer genannt.
Im Helmstadter Ortsgerichtsbuch wird erwähnt, dass das Dorf zu dieser Zeit durch Mauern und Gräben befestigt war.
Für Helmstadt wird erstmals ein Amtmann namentlich im Ortsgerichtsbuch von Helmstadt erwähnt. Da im Weistum von Helmstadt aus dem Jahr 1410 weder die Rede von einem Zentgrafen noch von einem Amtmann war, besteht die Möglichkeit, dass die Bewohner von Helmstadt die Zentfälle in Remlingen suchen mussten, da Helmstadt dieser Zent angehörte (erstmals erwähnt zusammen mit der Zent Wertheim im Jahr 1332 als Lehen des Hochstifts Würzburg an Graf Rudolph von Wertheim).