Die Grafen von Wertheim verfügen über die Dorfherrschaft, die Vogtei und die Hochgerichtsbarkeit in Helmstadt. Während die Vogtei vermutlich als Lehen aus dem Kloster Fulda hervorging, war das Hochgericht ursprünglich ein Lehen des Hochstifts Würzburg.
Das Dorf "Halbingstat" behält seinen Namen über Jahrhunderte. Es sind aber auch verschiedene Abwandlungen, wie z. B. "Helbingestat" oder "Helbinstat", zu finden. Die Schreibweise "Helmstat" erscheint erstmals im Jahr 1303 im ältesten Lehenbuch von Würzburg.
Bischof Andreas von Würzburg trennt die Kapelle in Neubrunn von der Mutterkirche in Helmstadt ab und macht daraus eine eigene Pfarrei, unter anderem weil die Kirche in Helmstadt neue Einkünfte von Elisabeth, Witwe Gottfrieds von Hohenlohe, geschenkt bekommen hat.
Die Brüder Rudolf von Wertheim, Domherr zu Würzburg, und Graf Rudolf von Wertheim willigen ein, dass ihre Tante vierzehn Bauernhöfe im Dorf Helmstadt dem Stift Holzkirchen schenkt.
Abt Heinrich von Fulda beurkundet, dass Elisabeth von Hohenlohe dem Dekan und dem Konvent des Klosters in Holzkirchen unter anderem all ihre Güter in Helmstadt geschenkt hat.
Graf Boppo von Henneberg und seine Frau Richeza verzichten auf all ihre Rechte an ihrem Gut in Helmstadt, das die Tochter des Grafen Boppo von Wertheim dem Benediktinerorden in Holzkirchen geschenkt hat.
Helmstadt wird als "Helbelmstad" genannt.
Ein erhaltenes Steuerverzeichnis belegt 67 Familienvorstände, welche auf eine Einwohnerzahl von ungefähr 300 Personen schließen lässt.
Nach Aussagen zeitgenössischer Geschichtsschreiber ist Helmstadt der Geburtsort des Hans Böhm, welcher später den Namen Pfeiferhans, Pfeifer oder Pauker von Niklashausen erhält und 1476 in Würzburg hingerichtet wird.
Im "Weisthum von Helbingstatt" des Grafen Johann II. von Wertheim wird das Recht der Holzkirchener Pröbste festgehalten, für Helmstadt einen "schweigenden Schultheißen" zu bestellen. Damit ist belegt, dass die Grafen von Wertheim als Vogteiherren die niedere Gerichtsbarkeit besaßen.