Nach dem Einmarsch der Schweden schenkt König Gustav II. Adolf unter anderem das Amt Remlingen und damit auch Helmstadt zurück an die Grafschaft Wertheim. Zunächst bleiben die katholischen Pfarrer auf ihren Pfarreien, im November 1632 kommt jedoch Leonhard Thirius nach Helmstadt und nimmt die Reformation der Pfarrei in Angriff.
Nach dem Sieg der Kaiserlichen über die Schweden im Dreißigjährigen Krieg löst sich die evangelisch-wertheimische Herrschaft über die von den Schweden zurückgeschenkten Ämter auf und Helmstadt wird endgültig katholisch.
Der nun volljährige Hans Wilhelm Haller II. wird vom Würzburger Fürstbischof Franz (von Hatzfeld) mit Helmstadt belehnt.
Während des Dreißigjährigen Krieges machen kaiserliche Truppen die Gegend um Helmstadt unsicher und rauben die Bevölkerung aus.
Christoph Andreas Imhof wird mit Helmstadt belehnt und nennt sich ab diesem Zeitpunkt Imhof von und zu Helmstadt. Zuvor hatte der Würzburger Fürstbischof Johann Philipp (von Schönborn) nach dem Tod Hans Wilhelm Hallers II. das Lehen unberechtigterweise entmannt in Besitz genommen. Gemäß der weiblichen Erbfolge war Christoph Andreas Imhof, Sohn der vor Hans Wilhelm Haller verstorbenen Schwester desselben, berechtigter Erbe. Diesen Anspruch setzt er mit Hilfe des Rats der Stadt Nürnberg beim Würzburger Bischof Johann Philipp (von Schönborn) durch. Die Imhofs bleiben bis ins 19. Jahrhundert im Besitz des Lehens Helmstadt.
Ein großer Brand zerstört viele Häuser in Helmstadt.
Helmstadt erhält das Marktrecht. Die drei Markttage finden am Faschingsmontag, Pfingstmontag und am St. Bartholomäustag statt.