Infolge des Bauernkriegs wird Ludwigsstadt das Stadtrecht wieder genommen und der Ort ist damit wieder Marktflecken.
Königshofen kämpft im Bauernkrieg auf der Seite der Bauern und verliert mit ihnen. Nach Merian sollen hier bei einer Schlacht etwa 7900 "Bauern" und 285 von 300 beteiligten Bürgern getötet worden sein.
Der Mainzer Kurfürst verordnet 1526 zunächst für die am Bauernkrieg beteiligten Gemeinden - die Städte Amorbach und Miltenberg - den Verlust ihrer Gerechtsame und Privilegien.
1527 erlässt der Mainzer Kurfürst für Miltenberg und Klingenberg die sog. Albertinische Verordnung, die den bürgerlichen Freiheitsraum zugunsten der herrschaftlichen Direktiven erheblich einschränkt.
Aufgrund des Aufstandes der Stadt im Bauernkrieg werden Schultheiß und Rat nicht mehr von der Stadt gewählt, sondern vom Landesherren ernannt.
Mainbernheim wird mit der Markgrafschaft Ansbach evangelisch.
Die Stadt Wörth wird wegen ihrer Nichtbeteiligung am Bauernkrieg zu einem eigenen Amt und Hochgericht erhoben.
1528 erlässt der Mainzer Kurfürst für Amorbach die sog. Albertinische Verordnung, die den bürgerlichen Freiheitsraum zugunsten der herrschaftlichen Direktiven erheblich einschränkt.
Schweinfurt wird im Markgrafenkrieg ausgebrannt und geplündert.
Markgraf Albrecht Alcibiades besetzt 1552 Markt und Amt Neunkirchen, muss sie aber nach seiner Niederlage 1553 wieder herausgeben.