Auf dem Konzil von Basel (1431-47) wird der Beschwerde des Domkapitels und der Immunitätsbewohner gegen die Bürger nachgegeben und die Fortführung der Befestigung untersagt.
1437 erhält zwar der Bischof das Recht der unbeschränkten Ausübung seiner Herrschaft über die Stadt Bamberg sowie über die Immunitäten und deren finanzielle Leistungen; dennoch können die Immunitäten ihre Gerichte und einige daraus resultierende Rechte noch jahrhundertelang aufrechterhalten.
Wegen Verfalls wird das Nonnenkloster 1439 durch den Würzburger Bischof Johann II. von Brunn aufgehoben und seine Grundherrschaft dem Abteibesitz zugeschlagen.
Eine Verordnung Bischof Antons von Rotenhan von 1439 legte fest, dass der Rat mit zehn Räten aus der Oberstadt ("rechten Stadt") und nur zwei aus der Vorstadt und einem vom Hauptmann zu ernennenden Ratsmitglied zu besetzen sei, wobei dem Bischof das Bestätigungsrecht vorbehalten blieb.
Das in den 20-er Jahren des 15. Jahrhunderts zu Neustadt errichtete Spital, das anfangs in bischöflichem Besitz gewesen zu sein scheint, überträgt der Würzburger Bischof Sigismund von Sachsen am 25.1.1442 an den Rat der Stadt, und zwar die "gantzen gewalt und macht" darüber; er befiehlt dem Rat "vnserem Spital daselbsten" getreulich vorzustehen und ihm ein oder zwei Bürger als "bawleuth" beizugeben, die dem Spitalmeister mit Rat und Tat beistehen sollen. Außerdem erhält der Rat die Befugnis, sich jährlich vom Spitalmeister Rechnung legen zu lassen oder zwei bzw. drei Mann zu diesem Zweck abzuordnen. Bei Untauglichkeit des Spitalmeisters aus Krankheits- oder anderen Gründen darf der Rat einen anderen einsetzen, "sooft es nottut". Im zweiten Teil der Urkunde über das städtische Spital räumt der Würzburger Bischof dem Rat das Recht ein, wenn ein Schöffe stürbe oder sonst "untugenlich" würde, einen oder auch mehrere, soviel gebraucht würden, an dessen (deren) Stelle zu setzen. Das bedeutet, dass das Prinzip der Kooptation nunmehr auch den Ratsbürgern von Neustadt, die die Schöffen stellten, zugestanden wird, wodurch die alteingesessenen, patrizischen Familien eindeutig bevorzugt werden.
Der Bischof von Würzburg bestätigt die Stiftung des Spitals und der St.-Sixtus-Kapelle.
Der Würzburger Bischof Gottfried IV. von Limpurg verpflichtet sich, die Pfarrei Haßfurt nur an Domherren zu verleihen, da das Domkapitel verschiedene Einkünfte für das Hochstift versetzt hat.
Eibelstadt gehört zum Archidiakonat und Landkapitel, später zum Dekanat, Kitzingen.
Die keinem Archidiakonat oder Landkapitel unterstellte Pfarrei von Bischofsheim besetzt der Bischof von Würzburg.
Der Würzburger Bischof Gottfried IV. Schenk von Limpurg bestätigt das von Graf Georg von Henneberg gegründete Kollegiatsstift in Römhild und die betreffende Stiftungsurkunde.