Die Reformation erfasst Mitwitz. Obwohl die späteren Herren von Mitwitz, die Würtzburger, Mitte des 17. Jahrhunderts wieder die katholische Konfession annehmen bleibt die Pfarrei lutherisch.
Die Pfarrei Baudenbach umfasst folgende Gebiete: Baudenbach, Roßbach, Höfen, Obersteinbach, Lerchenhöchstadt, Lachheim (die drei vordersten Häuser) und ab 1544 Hambühl.
Hans VI. von Rotenhan soll Luther persönlich begegnet sein und führt als überzeugter Anhänger der neuen Lehre in den Dörfern der von Rotenhan die Reformation durch. Er trennt die Schlosskirche in Rentweinsdorf von der Mutterkirche Ebern und errichtet eine eigene evangelische Pfarrei. Rentweinsdorf wird die erste evangelische Gemeinde im Baunachsgrund.
Die Markgrafen von Brandenburg-Ansbach führen die Reformation in Marktsteft ein.
In einem Brief an Markgraf Georg den Frommen beschreibt Pfarrer Andreas Schrotzberger die Zustände zur Zeit der Reformation in Berolzheim. Demnach gehört die untere Kirche in Berolzheim dem Domstift Eichstätt. Der Pfarrer der unteren Kirche hielte sich bei den Zeremonien an den päpstlichen Brauch und würde seiner Gemeinde das Abendmahl in beiderlei Gestalt verweigern, was scheinbar zu großem Unmut unter den Gemeindemitgliedern führt. Infolgedessen hätten sie ihn, den Pfarrer der oberen Kirche, gebeten, ihnen die Sakramente zu spenden, was er schwerlich hätte verweigern können.
Die Reformation wird in Seinsheim eingeführt.
Es kommt erneut zur Errichtung einer eigenen Pfarrei in Schwand.
Zur Pfarrei Oberkotzau gehören seit der Reformation die Orte Schwesnitz, Saaldorf, Heideck, Erbesbühl, Autengrün und Gottwaldsreuth.
Siegmund III. von Thüngen setzt letztmalig in der Zeit der thüngenschen Herrschaft einen katholischen Priester in Büchold ein. Nach dessen Tod führte sein Vetter Hans Jörg von Thüngen endgültig die Reformation ein.
Das Kloster in Heidenheim wird säkularisiert. Es wird samt seinen Einkünften an den Markgraf von Brandenburg-Ansbach übergeben. In wirtschaftlicher Hinsicht ändert sich für die Bevölkerung zunächst nichts. Die Abgaben, die von 40% der Anwesen zunächst an das Kloster gegangen sind, gehen in unveränderter Höhe an das Klosterverwaltungsamt, das verwaltungstechnisch weiterbesteht.