Durch die Nennung der "Schweinfurter Hueb" kann festgemacht werden, dass sich Zapfendorf von Anfang an in der Hand der Schweinfurter Grafen befindet.
Die Mutterkirche von Zapfendorf ist Scheßlitz und bleibt dies über das Mittelalter hinaus bis zur Gründung einer eigenen Pfarrei. Der Ort untersteht somit dem Bischof von Würzburg.
Es muss unentschieden bleiben, ob sich der Ort als Eigengut oder als Lehengut des Reiches in der Hand der Schweinfurter Grafen befand. Für Zapfendorf lassen sich zwei Entwicklungsstränge denken: Wurde der Ort von König Heinrich II. (ab 1014 Kaiser HRR) eingezogen, kam er spätestens mit der Grafschaft im Radenzgau an Bamberg und wurde vom Hochstift an seine Vögte, zunächst die Grafen von Abenberg, dann die Grafen von Andechs-Meran, vergeben. Verblieb der Ort aber als Eigengut bei den Schweinfurtern, so fiel er nach dem Aussterben des Geschlechts an dessen Erben, die mittlerweile zu Herzögen aufgestiegenen Grafen von Andechs-Meran.
Im Verbund der karolingisch-ottonischen Verwaltungsstruktur liegt Zapfendorf an der Grenze des Radenzgaues, dessen Verlauf durch den Main bestimmt ist.
Die Struktur der dörflichen Verwaltung sieht folgendermaßen aus: An der Spitze steht der von der ganzen Gemeinde gewählte Dorf- oder Bürgermeister. Er beruft die Gemeindeversammlung ein und führt in ihr den Vorsitz, verwaltet das Vermögen der Gemeinde und legt der Gemeindeversammlung jährlich darüber Rechnung ab. Neben den Dorfmeister treten Vogt und Schultheiß als Vertreter der Obrigkeiten, wobei dem Vogt als Vertreter des Hochstifts das entschieden größere Gewicht zufällt. Nach der Erhebung Zapfendorfs zum Amt Ende des 15. Jahrhundert gewinnt er weiter an Einfluss und überragt schließlich sogar den Bürgermeister. Er wird wie der Bürgermeister von der Herrschaft gestellt und ist stets einer der größten Grundbesitzer. Viertelmeister oder Beiräte des Dorfmeisters lassen sich nicht nachweisen.
Zapfendorf liegt an der Schnittstelle für den Verkehr auf dem Main (und auf der Landstraße). Allerdings geben die Quellen keinen Aufschluss über direkte Auswirkungen dieser Lage auf das geschäftliche Leben im Ort.
Zapfendorf eignet sich für die Einrichtung und Niederlassung von Behörden, was ein Indiz einer gewissen Zentralität ist. Der Ort ist Sitz eines Zentamtes, eines Vogteiamtes, eines Steueramtes, einer Zollstelle und zeitweise ist er zuständig für Forst- und Fischereiwesen. Besonders seit den 70er Jahren des 17. Jahrhunderts kann von einem Bedeutungsaufschwung Zapfendorfs gesprochen werden.
Zapfendorf wird gegründet. Bewiesen wird die frühe Datierung des Ortes durch eine Nachricht aus dem 14. Jahrhundert, die Altzehntrechte Würzburgs in Zapfendorf betrifft. Auch siedlungsgeschichtlich wird die Entstehung des Ortes zwischen 750 und 1000 angesetzt.
Zapfendorf wird erstmals urkundlich erwähnt. Es befindet sich in der Hand der Grafen von Andechs-Meran, die durch diese Urkunde ihren Dienstmann Eberhard "Forscho" (Förtsch) von Thurnau und dessen Sohn, Albert von Wildenrode, mit dem Dorf Zapfendorf belehnen.
Die Einwohnerzahl von Zapfendorf dürfte die 100-Personen-Grenze überschritten haben.