Rothenkirchen verdankt seine Bedeutung dem Hochstift Bamberg. Die Burg Rothenkirchen wird im Zeichen der Stärkung des gesamten fürstbischöflichen Burgensystems ausgebaut. Schloss und Gut Rothenkirchen werden im Jahr 1372 dem Ritter Cunrad von Würtzburg mit seinen Söhnen erblich übertragen. Das Schicksal von Rothenkirchen ist von da an einige Jahrhunderte mit dem der Herren von Würtzburg verbunden.
Rothenkirchen erhält von Kaiser Karl IV. (HRR) das Marktrecht (Wochenmarkt) und die hohe Gerichtsbarkeit.
Die Burg Rothenkirchen wurde im Hussitensturm, dem Bauernkrieg und dem Dreißigjährigen Krieg schwer heimgesucht.
Rothenkirchen ist eine eigenständige Pfarrei. Diese Entwicklung – von einer Filialkirche Kronachs zur Pfarrkirche – vollzieht sich wohl bereits zum Ende des 14. Jahrhunderts.
Der Umfang der Pfarrei Rothenkirchen erstreckt sich auf acht Ortschaften: Rothenkirchen und Pressig, Heinersdorf, Welitsch, Friedersdorf, Eila, Brauersdorf und Förtschendorf.
Konrad und Erhard von Würtzburg lassen den Chor der Kirche in Rothenkirchen bauen. Diese Information findet sich auf einer Inschrift.
Im Zuge der Gegenreformation wird die Augsburger Konfession in Rothenkirchen endgültig unterbunden, da das Hochstift Bamberg die alte Burg von den Erben der ausgestorbenen Linie der Würtzburg zu Rothenkirchen erwirbt.
Die Reformation erfasst auch Rothenkirchen. Der Einfluss der von Würtzburgs begünstigt dies vermutlich.
Mehrere Adelige aus dem Hause von Würtzburg sind Domkapitulare in Bamberg und Würzburg. Veit II. erreicht sogar den Bischofsstuhl in Bamberg. Der Bamberger Fürstbischof Veit II. von Würtzburg (1561-1577) ist gebürtig aus Rothenkirchen. Sein Aufstieg zum Reichsfürsten stellt den Höhepunkt der Familie von Würtzburg dar.
In Rothenkirchen ist eine Mühle nachweisbar.