Peter Nothaft verkauft Thierstein an den Markgrafen Wilhelm von Meißen.
Thierstein wird in den Hussitenkriegen (1419-1436), im Markgräflerkrieg (1553/54) und im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) schwer heimgesucht.
Thierstein gelangt durch Erbschaft und Kauf endgültig vom Markgrafen von Meißen in die Hände der Burggrafen von Nürnberg.
Seit Hohenberg von Wunsiedel getrennt ist, wird nun der Begriff "Sechs Ämter" gebraucht. Thierstein ist neben Wunsiedel, Weißenstadt, Kirchenlamitz, Selb und Hohenberg eines dieser Ämter.
Im ersten Siegel Thiersteins steht das schildlose redende Bild des "Tieres auf Steinen" und darunter das gevierte Zollernschildchen.
In Thierstein wird die Reformation durch die Landesherrschaft eingeführt.
Als Auswirkung der Reformation entsteht in Thierstein eine Schule. Ein Schulmeister wird erstmals im Jahr 1542 erwähnt.
Die Burg Thierstein wird im Bundesständischen Krieg (1553/1554) niedergebrannt und nur notdürftig wieder aufgebaut.
Der Markgraf Georg Friedrich I. von Brandenburg-Ansbach-Kulmbach befiehlt, anstatt der Renovierung der Burg Thierstein unterhalb des Marktes ein neues Gebäude für den Amtmann und den Schlosspächter zu errichten (Schlösslein).
Der Markt wird im Dreißigjährigen Krieg besonders schwer heimgesucht, vor allem in den Jahren 1632 bis 1634.