Zeuln wird von den Truppen Herzog Wilhelms III. von Sachsen erobert. Dabei wird das Obertor samt Mauer zerstört.
Zeuln und Graitz werden von sächsisch-coburgischen Truppen besetzt, um gewaltsam eine protestantische Kirchenvisitation in beiden Pfarreien durchzuführen.
Aus diesem Jahr stammt das älteste vorhandene Wappen. Es zeigt eine auf einem grünen Zweig sitzende schwarze Eule auf silbernem (weißem) Grund. Die Zeulner Farben sind entsprechend grün-schwarz-silber (weiß).
Marktzeuln werden in den Jahren 1630 und 1682 jeweils zwei Jahrmärkte verliehen.
Schwedische Truppen fallen in Zeuln ein, dabei fängt das Rathaus Feuer.
Ganz Zeuln samt Kirche und Rathaus wird von den Schweden geplündert und systematisch niedergebrannt. Nur die Mauern der Kirche überstehen angeschwärzt den Brand. Die Zeulner Bevölkerung wird innerhalb von 20 Jahren auf die Hälfte dezimiert.
Ein schweres Hochwasser setzt den Zeulnern derartig zu, dass sie ihre überschwemmten Kellergewölbe verlassen müssen, um nicht zu ertrinken. Sie quartieren sich daraufhin in die ausgebrannte Kirche ein, die notdürftig repariert ist.
Die Pfarrkirche St. Michael wird nach dem Kriegsbrand von 1646 wieder vollständig hergestellt.
Da das Kirchenschiff sich bald als zu klein für die stark anwachsende Bevölkerung erweist, reißen die Zeulner im Frühjahr 1699 das alte gotische Kirchenschiff nieder und errichten in schlichtem barocken Stil das jetzige Langhaus in Kastenform mit hohem Satteldach.
Marktzeuln werden nochmals zwei Jahrmärkte verliehen. Diesmal sind sie mit Viehmärkten verbunden.