In Zapfendorf lassen sich die Herrschaftsrechte von fünf Herren ausmachen: Das Hochstift Bamberg, die Truhendinger, das Hochstift Würzburg, die Domprobstei Bamberg und eine ganze Reihe sich in der Folge rasch ablösende Besitzer des Reuthzehnts (die Grafen von Hohenlohe, die Bamberger Geschlechter der Mewer, Wolfer, Kauler, Juspier, Braun, Haller und Meldier).
Ludwig von Hohenlohe belehnt Heinrich Mewer, Heinrich Wolfler, Libhard Kauler und einen Bamberger Bürger namens Konrad mit einem Viertel eines Zehnten in Zapfendorf.
In Zapfendorf werden allein auf den Bamberger Gütern elf Haushalte mit 44 bis 50 Personen gezählt. Zu dieser Zahl sind die Bewohner der zu diesem Zeitpunkt verpfändeten Güter (der spätere domkapitularische Besitz) sowie die den anderen Herren (Würzburg, Truhendingen, evtl. schon Kloster Banz) unterstehenden Güter hinzuzuzählen.
Bischof Werntho von Bamberg bestätigt, dass Eberhard von Hohenberg frühere Güter des Hochstifts in Zapfendorf zurückkauft.
Dem Hochstift Bamberg gelingt der Erwerb der Truhendinger Güter in Zapfendorf, welche nach vorübergehendem Lehensbesitz der Schaumburg und der Rotenhan 1488 endgültig der eigenen Verwaltung unterstellt werden. Adeliger Grundbesitz lässt sich nach 1488 in Zapfendorf nicht mehr nachweisen.
Zapfendorf ist ein Ganerbendorf. Das bedeutet, dass es verschiedenen Herren untertan ist. Der nördlich des Baches gelegene Teil gehört der Bamberger Domscholastei, der Ortsteil südlich des Baches untersteht dem Landesfürsten, dem Bischof von Bamberg, direkt. Im nördlichen Ortsgebiet regiert der Schultheiß, im südlichen der Bürgermeister.
Dem Hochstift Bamberg gelingt der Erwerb der Würzburger Güter in Zapfendorf. Vermutlich nach diesem Erwerb richtet das Hochstift im Ort ein eigenes Amt ein, nachdem die Güter in Zapfendorf bislang dem Amt Staffelstein und nach 1348 dem Amt Brunn zugeschlagen worden sind. Dem Amt Zapfendorf werden die Orte Lauf, Oberoberndorf, Reuth, Roth, Sachsendorf und Unterleiterbach eingegliedert sowie die heutige Wüstung Neuses.
Die mächtigsten Grundherren in Zapfendorf und Umgebung sind der Fürstbischof von Bamberg und das Bamberger Domkapitel.
Infolge des Bauernkrieges und bedingt durch ein Ansteigen der Getreidepreise kommt es in Zapfendorf zu einer schon früher begonnenen Besitzdifferenzierung und somit zu einer immer weiter klaffenden Schere zwischen arm und reich. In den Steuerlisten von 1547 finden sich eine Vielzahl äußerst geringer Zahlungen, wie sie in der Regel nur von landlosen und landarmen Seldnern und Tropfhäuslern geleistet wurden. Man kann durchaus von zwei Klassen im Dorf sprechen, deren Interessen sich kaum berühren. Der Abstand zwischen arm und reich dürfte in der Mitte des Jahrhunderts so groß gewesen sein, dass die dörfliche Gemeinschaft auseinanderzubrechen drohte, was durch die beiden Dorfordnungen der Jahre 1584 und 1671 ersichtlich wird.
In der Pfarrbeschreibung des Bamberger Karmelitenbruders Heinrich Kaudler erscheint Zapfendorf als Filialkirche von Scheßlitz.