In der Dorfordnung wird Remlingen ausdrücklich als Dorf und Flecken bezeichnet.
Nach vielen Streitigkeiten um die Zent Remlingen mit den Dörfern Marktheidenfeld, Tiefenthal, Erlenbach, Billingshausen, Helmstadt, Üttingen, Ober- und Unteraltertheim, halb Lengfurt und 40 Morgen Äcker bei Homburg und andere wird diese schließlich nach dem Tod der letzten Erbtochter des Grafen Stolberg (Schwiegervater des Wertheimer Grafen Michael III.) als erledigtes Lehen vom Hochstift Würzburg eingezogen.
Im gleichen Jahr wie die Zent Remlingen fällt auch das Amt Remlingen, dem Helmstadt angehört, dem Hochstift Würzburg anheim. Dieses Amt, das im Wesentlichen für die Dorf- und Grundherrschaft und die niedere Gerichtsbarkeit (Vogtei) zuständig war, muss wohl zwischen 1409 und 1424 gegründet worden sein, da um 1409 noch der Amtmann von Wertheim zuständig war und erst 1424 von einem Remlinger Amtmann berichtet wird.
Als das Amt Remlingen nach dem Tod der letzten stolbergschen Tochter Elisabeth, Verwitwete von Kirchingen, an das Hochstift Würzburg kommt, wird die Gegenreformation auch in Helmstadt, das zum Amt Remlingen gehört, durchgeführt.
Erst nach langen Streitigkeiten und Verhandlungen werden Ernst Haller und seine noch lebenden Söhne nach 40-jähriger Wartezeit vom Würzburger Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn) mit Helmstadt belehnt, wodurch Helmstadt aus dem Verband des Amtes Remlingen ausscheidet und ein eigenes Vogteiamt bildet. Ernst Haller von Hallerstein hatte sich seit 1574 vergeblich bemüht, das Dorf Helmstadt als Afterlehen zu erhalten.
Mehrere Häuser werden bei einem Brand in Remlingen vernichtet.
Durch Brandstiftung werden in Remlingen 172 Gebäude zerstört.
Während des Dreißigjährigen Krieges ist das Regiment des Oberst Klevenhüller in Remlingen einquartiert.
Nach dem Einmarsch der Schweden schenkt König Gustav II. Adolf unter anderem das Amt Remlingen und damit auch Helmstadt zurück an die Grafschaft Wertheim. Zunächst bleiben die katholischen Pfarrer auf ihren Pfarreien, im November 1632 kommt jedoch Leonhard Thirius nach Helmstadt und nimmt die Reformation der Pfarrei in Angriff.
Graf Friedrich Magnus von Castell, der die katholische Religion annimmt, lässt durch benachbarte Geistliche katholische Gottesdienste in der Schlosskapelle Remlingens halten. Die Einstellung eines eigenen Geistlichen gelingt nicht.