Die Kirche in Wallenfels wird zur selbstständigen Pfarrei erhoben.
Im Markgräflerkrieg legen feindliche Soldaten Wallenfels in Schutt und Asche. Auch die Kirche wird vollkommen zerstört. Dabei gehen der Wappenbrief, die ältesten Urkunden über Privilegien und Marktordnung und andere wertvolle Papiere verloren.
Es wirken sowohl ein katholischer als auch ein protestantischer Geistlicher in Wallenfels.
Auf wiederholte Bitten des Bürgerrates erneuert der Bamberger Bischof Ernst (von Mengersdorf) die alten Rechte und verleiht das Halsgericht und das Stadtrecht. Wallenfels kann nun jede Woche Markt halten und hat bis auf den Salzverkauf die gleichen Freiheiten wie Kronach.
Es besteht in Wallenfels um diese Zeit wohl ein Schulgebäude in primitiver Form.
Es sind zwei Siegel bekannt, die in der Umschrift mit 1633 bzw. 1658 datiert sind und die beiden Schildhälften vertauscht zeigen.
Die Bürgervertretung in Wallenfels besteht aus vier Bürgermeistern, neun Ratsverwandten und vier Viertelmeistern.
Die Kirche in Wallenfels wird neu aufgebaut. Sie ist zu Ehren des hl. Thomas geweiht.
Wallenfels wird durch die Schweden im Dreißigjährigen Krieg geplündert und völlig zerstört. Kirche und Schule werden sogar zweimal niedergebrannt.
In einem fürstbischöflichen Reskript wird erneut die Bewilligung für zwei Jahrmärkte in Wallenfels ausgesprochen. Diese Bewilligung wurde bereits im Jahr 1540 ausgesprochen.