Auf Betreiben des Würzburger Bischofs Philipp Adolf (von Ehrenberg) und des Bamberger Bischofs Johann Georg II. (Fuchs von Dornheim) rücken der Schlüsselfelder und der Höchstädter Amtmann mit 400 Musketieren in Lonnerstadt ein, vertreiben den hiesigen Geistlichen Johannes Schuster und setzen an dessen Stelle den katholischen Messpriester J. G. Göpfert. Noch im selben Jahr erzwingen sie - unter einem ähnlich großen Aufgebot von 200 Mann - die katholische Trauung des Lonnerstädter Schulmeisters Hanns Dietrich.
Um sich aus der Herrschaft der Herren von Thüngen zu lösen, schließt die Gemeinde Burgsinn einen Schutzvertrag mit dem Kurfürstentum Mainz ab.
Das Juliusspital erwirbt den Freihof der Herren von Thüngen in Obersinn.
Mainz wird nach der Reichsacht über die Herren von Thüngen und deren Vertreibung Schutzherr über Burgsinn. Der evangelische Pfarrer flieht aus Burgsinn. Im Jahr 1631 wird erstmals seit 67 Jahren wieder ein katholischer Pfarrer eingesetzt. Die Pfarrei gehört seither zur Erzdiözese Mainz.
Oberkotzau geht nach und nach von den Kotzau auf die Familie Müffling Weiß und letztlich deren Mitglied Christoph Heinrich über. Seine Söhne sind jedoch gezwungen, Kotzau zu verkaufen. Dabei macht Markgraf Christian Ernst von Brandenburg-Bayreuth von seinem Vorkaufsrecht Gebrauch.
Der Ort und die Festung Lichtenau werden auf Befehl des Johann Graf von Tillys von kaiserlichen Truppen besetzt. Nach ihrem Abzug bleibt eine 150 Mann umfassende Garnison zurück.
Im Dreißigjährigen Krieg kommt die Dorfherrschaft Weilbachs an Erbach, geht aber dann wieder an Mainz zurück.
Der Ort und die Festung Lichtenau werden kampflos von schwedischen Truppen eingenommen. Eine Garnison von 50 Mann bleibt dort.
Lichtenau wir erneut durch kaiserliche Truppen eingenommen und daraufhin zu großen Teilen zerstört. Die Festung wird vom Pfleger kampflos übergeben. Eine 400 Mann starke Besatzung stellt eine ernsthafte Bedrohung für die umliegenden protestantischen Gebiete dar.
Nach dem Einmarsch der Schweden schenkt König Gustav II. Adolf unter anderem das Amt Remlingen und damit auch Helmstadt zurück an die Grafschaft Wertheim. Zunächst bleiben die katholischen Pfarrer auf ihren Pfarreien, im November 1632 kommt jedoch Leonhard Thirius nach Helmstadt und nimmt die Reformation der Pfarrei in Angriff.