Die Wallfahrtskirche in Retzbach wird während des Dreißigjährigen Krieges schwer beschädigt, die Altäre geschändet, Türen und Fenster eingeschlagen. 1650 werden die Altäre ersetzt.
Der in Münnerstadt lebende Orgelbauer Johann Konrad Kitzinger baut zwischen 1651 und 1652 die Orgel für die Wallfahrtskirche und 1653 auch die Orgel für die alte Pfarrkirche.
Der Wiederaufbau der Kirche in Plech wird erst jetzt in Angriff genommen.
In Folge des Westfälischen Friedens und weil Burgsinn im "Normaljahr 1624" lutherisch war, schreibt Kurmainz an die Thüngenschen Vormünder, Johann Friedrich von Frankenstein und Amalie Magdalene von Thüngen, dass die katholischen Pfarrer von Burgsinn abgerufen seien und sie wieder lutherische einsetzen können. Diese antworten am 16.1.1652, dass sie dies nicht könnten, weil sie nicht im Besitz von Burgsinn wären. Daraufhin schickt Mainz zwei Kapuziner-Missionare nach Burgsinn, um die Rückführung zur katholischen Kirche zu vollenden.
Die im Dreißigjährigen Krieg zerstörte Kirche von Heiligenstadt wird wieder aufgebaut.
Christoph Heinrich von Müffling Weiß lässt ein Schul- und Kantoratsgebäude errichten.
Die Pfarreien Kirchzell und Weilbach kommen durch Tausch mit dem Bistum Würzburg kirchenrechtlich zum Erzbistum Mainz. Dadurch erhält Mainz auch das Patronatsrecht.
In Rentweinsdorf wirkt der einzige evangelische Pfarrer im Umkreis. Er tauft 19 Kinder und 282 Personen nehmen am Abendmahl teil.
Buttenheim hat im Jahr 1656 mit den acht Pfarrorten 433 Häuser mit 995 Katholiken und 49 Lutheranern.
Nach einem Vertrag vom 27. November 1659 werden der Pfarrei Burgwindheim, die bis dahin nur den Ort selbst umfasst, die Orte Ober- und Unterweiler, Schrappach, Kappel und Kötsch zugesprochen.