Durch Georg Sebastian Stiebar von Buttenheim zu Pretzfeld, Inhaber des dortigen Rittersitzes, nimmt die reformatorische Entwicklung ihren Lauf. Durch die Einrichtung einer Schlosskapelle (um 1590) sowie durch den Erwerb der Pfarrei Moggast (1615) eskaliert das Verhältnis zum Bischof.
Die Kirche in Wallenfels wird zur selbstständigen Pfarrei erhoben.
Im Anschluss an die Reformation kommt die Pfarrei Arberg zum Kapitel Eschenbach, aus dem 1578 das Dekanat Ornbau wird.
Die Walburgakirche, die Heidenheimer Pfarrkirche, brennt zusammen mit 30 weiteren "Zimmern" ab. Sie wird nicht wieder aufgebaut.
Die Gemeinde Rattelsdorf tritt zur Reformation über.
Michael Köhner ist erster evangelischer Pfarrer von Uehlfeld. Er stirbt nach 27 Jahren Amtszeit (1579).
Weder im Baudenbacher Pfarrarchiv noch in anderen Archiven ist Material über die Existenz einer Kirche zu finden. Grund ist wahrscheinlich, dass ein Pfarrer die Akten der Pfarrei in die vermeintliche Sicherheit einer befestigten Stadt nach Neustadt a. d. Aisch bringt. Dort werden sie am 9. Juni 1553 durch den großen Stadtbrand im Bundesständischen Krieg vernichtet.
Im Markgräflerkrieg legen feindliche Soldaten Wallenfels in Schutt und Asche. Auch die Kirche wird vollkommen zerstört. Dabei gehen der Wappenbrief, die ältesten Urkunden über Privilegien und Marktordnung und andere wertvolle Papiere verloren.
Die Hauptkirche St. Johannis in Lenkersheim liegt in Schutt und Asche.
Zwischen dem Markgrafen Albrecht II. Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach und den Städten Bamberg, Würzburg und Nürnberg gibt es eine Fehde. Dabei wird Lonnerstadt vom Markgrafen eingenommen und an seinen Oberleutnant Russen von Reusbach verschenkt. Die Truppen der vereinigten Städte rücken am 14.5. von Windsheim her gegen Lonnerstadt und drängen die markgräflichen Truppen hinaus. Bei diesen Kämpfen wird der Ort samt Kirche und Turm in Asche gelegt.